LOD值（ LOD score）定義：確定兩個基因座是否在染色體上距離很近，因此可能一起遺傳的統(tǒng)計學(xué)評估。三個或更多的LOD評價通常顯示了兩個基因座的位置很緊密。

詳解：遺傳學(xué)上通常用或然率的常用對數(shù)作為標(biāo)準(zhǔn)的衡量方法，該值的對數(shù)值稱為Lod值或?qū)?shù)優(yōu)勢比：根據(jù)兩個非此即彼的假設(shè)，計算數(shù)據(jù)的整體或然性，以確定兩個基因座或是按一定的重組率而相互連鎖的可能性或是互不連鎖的可能性；這兩種可能性之比，是基因座實際上為連鎖的可能性；這個比率的10作底的對數(shù)就是對數(shù)優(yōu)勢比。為了確定兩對基因之間是否存在連鎖，一般要求或然比大于1000：1，即Lod>3；而要否定連鎖存在，則要求或然小于1:100，即Lod<-2。

通常判定連鎖關(guān)系是以Lod值大小為依據(jù)。Lod值為0，意味著連鎖假設(shè)與不連鎖假設(shè)的可能性相等；Lod值為正值，有利于連鎖；Lod值為負(fù)值，表示有一定重組率的連鎖。顯著的域值是+3和－2。Lod=+3時，連鎖的概率為95%。

WINQTL結(jié)果中，LOD1_L，LOD1_R，LOD2_L，LOD2_R是指QTL置信區(qū)間的左右邊界，LOD1表示99%的置信區(qū)間，LOD2表示95%的置信區(qū)間。

分子標(biāo)記遺傳圖譜構(gòu)建

在分離群體中，每一個標(biāo)記位點上的基因型可通過分子標(biāo)記帶型來確定。通過兩位點上不同基因型出現(xiàn)的頻率來估算重組交換值，或通過適當(dāng)?shù)慕y(tǒng)計方法(如似然比檢驗)對兩個基因位點是否呈連鎖遺傳作連鎖分析。存在連鎖(r<0. 5)與不存在連鎖((r=0.5)的概率可用似然函數(shù)表示，其比也稱為似然比。似然比取以10為底的對數(shù)，即為LOD值。LOD值的大小反映了兩位點基因存在連鎖可能性的大小，該值越大，則基因存在連鎖的可能性越大。當(dāng)然，在構(gòu)建分子標(biāo)記連鎖圖中，由于每條染色體上都涉及許多標(biāo)記座位，多位點間的排列順序和相互間的遺傳圖距，需要進(jìn)行多個位點的聯(lián)合分析，即多點測驗。對大量標(biāo)記位點間的連鎖分析，需要借助計算機(jī)及相關(guān)軟件作分析處理。

目前，國際上已開發(fā)出多個作圖軟件。在植物遺傳作圖應(yīng)用中，應(yīng)用最為廣泛的軟件是MAPMAKER/EXP，JoinMap等。

連鎖分析后，要通過作圖函數(shù)將重組率轉(zhuǎn)換為遺傳圖距。目前，有兩種作圖函數(shù)：Haldane作圖函數(shù)和Kosambi作圖函數(shù)，兩者的區(qū)別是前者假定完全沒有交叉干擾。Kosambi作圖函數(shù)算出的圖距比Haldane作圖函數(shù)的圖距小，且更為合理，因此在遺傳學(xué)研究中得到了更廣泛的應(yīng)用。