1. 環(huán)境變量
1.1 環(huán)境變量與局部變量
環(huán)境變量作用范圍廣，是系統(tǒng)任務(wù)
1.2 配置環(huán)境變量
系統(tǒng)配置文件: /etc/profile
用戶配置文件: ~/.bashrc
1.3 環(huán)境變量語(yǔ)句
export Path #添加到環(huán)境變量
source #這樣既可使用
（在用戶配置文件上修改）
echo $Path 可以查看此時(shí)環(huán)境變量配置
2.軟件安裝 ------- 包管理工具安裝軟件
2.1 下載并安裝conda
老師建議可以先不加到環(huán)境變量配置文件中。手動(dòng)啟動(dòng)
2.2 conda安裝軟件 配置channel
注意要把生物信息的通道bioconda 和 conda軟件管理擴(kuò)展環(huán)境conda-forge放在官方通道之前
conda config -add
conda config -show
vim ~/.condarc 查看conda通道的配置文件
2.3 啟動(dòng)conda并安裝軟件
source ~/miniconda3/bin/activate
(base) #說(shuō)明我們已經(jīng)處于conda3環(huán)境了
conda search bwa
conda install bwa -y
也可以在bioconda官方網(wǎng)站下搜索可用的包 bioconda.github.io
conda install samtools=1.8... -y
加下來(lái)手動(dòng)將安裝路徑加到環(huán)境變量中
ln -s ~/miniconda3/bin/bwa ~/local/bin
2.4 虛擬環(huán)境的創(chuàng)建
在現(xiàn)有環(huán)境下 conda info --envs 我們能看到目前只是python3的環(huán)境，我們需要配置python2虛擬環(huán)境進(jìn)行軟件安裝
conda create -n python2 python=2
conda activate python2
conda install macs2
which macs2 #可以查看路徑 ~/miniconda3/envs/python2/bin/macs2
source deactivate
ln -s ~/miniconda3/envs/python2/bin/macs2 ~/local/bin
此時(shí)將此安裝路徑設(shè)置為軟鏈接后，即使在Python3的環(huán)境下也可以運(yùn)行
source ~/miniconda3/bin/activate
3 軟件安裝--C/C＋＋軟件
3.1 C軟件安裝總述
二進(jìn)制文件：下載 解壓 安裝
源代碼： 下載 解壓 編譯 安裝
首先為了便于對(duì)軟件管理。在家目錄下，建立src為源代碼文件夾
opt里面sysoft biosoft 分別裝系統(tǒng)軟件和生物信息學(xué)軟件
3.2 二進(jìn)制軟件安裝
wget -c (軟件安裝的鏈接)
tar -zxvf
cd sratoolkit
mv ....... ~/opt/biosoft/sratoolkit/
添加環(huán)境變量
3.3 源代碼安裝
配置環(huán)境 ./config
編譯 make
安裝到目標(biāo)文件夾 make install
cd src
wget
cd zlib
tar -zxvf zlib
cd zlib
./config --prefix=HOME/opt/sysoft/lib"
4 PYthon 軟件安裝
包管理工具conda為主。此處暫時(shí)略
python setup.py install xxx
PYTHONPATH
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