導(dǎo)讀：火山圖通常使用三種顏色分別表示顯著上調(diào)，顯著下調(diào)和不顯著。通過(guò)為特定的數(shù)據(jù)點(diǎn)添加另一種顏色，可以創(chuàng)建雙色或四色火山圖，從而更直觀地突出感興趣的數(shù)據(jù)點(diǎn)。
《Nature Communication》文章“Molecular and functional landscape of malignant serous effusions for
precision oncology”fig 4C的雙色火山圖中，點(diǎn)的顏色不再表示上調(diào)或者下調(diào)，而用深紅色表示GO條目“DNA conformation change” (GO:0071103) 中的基因，灰色表示其他基因。
1，打開(kāi)作圖URL
https://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_two_colors_or_four_colors_volcano_plot_248
2，示例數(shù)據(jù)
點(diǎn)擊圖片上方的示例數(shù)據(jù)，下載，并使用excel打開(kāi)。
示例數(shù)據(jù)包括兩部分
第一部分是所有點(diǎn)的數(shù)據(jù)（左側(cè)）：
第1列是點(diǎn)對(duì)應(yīng)的名字，例如基因（必需唯一）
第2列是log2foldchange
第3列是p值或者FDR值
第二部分是待標(biāo)注的點(diǎn)的名字（右側(cè)）：
名字來(lái)自第一部分的第一列，即需要特別關(guān)注的數(shù)據(jù)點(diǎn)的名字（中文提示不用拷貝）
3，輸入檢查
示例數(shù)據(jù)：點(diǎn)擊輸入框下面的“示例”按鈕，將載入示例數(shù)據(jù)。
真實(shí)數(shù)據(jù)：數(shù)據(jù)放在excel中，調(diào)整好后，Ctrl+A選中數(shù)據(jù)，Ctrl+C拷貝，Ctrl+V粘貼數(shù)據(jù)到輸入框中。
然后使用輸入框下面的“輸入檢查”按鈕先對(duì)輸入數(shù)據(jù)進(jìn)行檢查。若檢查不通過(guò)，請(qǐng)根據(jù)檢查提示重復(fù)【修改-輸入檢查】步驟，直到檢查通過(guò)（如下圖所示），然后可以繼續(xù)選擇參數(shù)。
注：輸入檢查是新加功能，它會(huì)根據(jù)不同模塊的輸入要求，逐行逐列檢查輸入數(shù)據(jù)，并給出提示，確保數(shù)據(jù)符合模塊輸入要求。
4，選擇參數(shù)
圖片大小：設(shè)置了圖片的寬度，圖片的高度
是否標(biāo)注感興趣基因的名字：標(biāo)注名字或者不標(biāo)注名字，建議點(diǎn)少的話標(biāo)注，點(diǎn)多的話不標(biāo)注
字體大小：設(shè)置了軸說(shuō)明文字字體大小，及軸刻度文字字體大小，圖例標(biāo)題字體大小，圖例文字字體大小，以及點(diǎn)上標(biāo)注名字的字體大小
顏色：設(shè)置了4種顏色。感興趣點(diǎn)的顏色，上調(diào)點(diǎn)的顏色，下調(diào)點(diǎn)的顏色和不顯著點(diǎn)的顏色。若上調(diào)、下調(diào)、不顯著設(shè)置為同一種顏色，則最終繪制雙色火山圖。若設(shè)置4種顏色均不同，則最終繪制四色火山圖。
顏色代表的類別名：分別對(duì)應(yīng)4種顏色。感興趣點(diǎn)的名字，上調(diào)點(diǎn)的名字，下調(diào)點(diǎn)的名字和不顯著點(diǎn)的名字。若繪制雙色火山圖，則僅前兩個(gè)名字起作用；若繪制四色火山圖，4個(gè)框的名字都需要填寫(xiě)。
點(diǎn)大小：設(shè)置了感興趣點(diǎn)的大小，和其他點(diǎn)的大小，以及點(diǎn)的透明度。
X/Y軸范圍：
Y軸范圍根據(jù)數(shù)據(jù)中p值來(lái)確定，若存在0，或者幾個(gè)很高的孤立的點(diǎn)，可以通過(guò)設(shè)置p的最小值，將點(diǎn)拉下來(lái)，即小于該值的p值被強(qiáng)行拉成該值。例如有一個(gè)點(diǎn)X的p值是1e-80（點(diǎn)在Y軸80的地方），而其他所有點(diǎn)都是1e-20以上（點(diǎn)在Y軸20以下），那么可以設(shè)置該值為1e-21，把點(diǎn)X強(qiáng)行拉到1e-21附近。這樣圖片上不會(huì)有一個(gè)很孤立的點(diǎn)，保持圖片美觀度。
X軸范圍：若都留空則后臺(tái)根據(jù)數(shù)據(jù)范圍自動(dòng)設(shè)置X軸范圍；若都有數(shù)值，則根據(jù)提供的數(shù)值設(shè)置X軸范圍。
閾值：p閾值代表水平線。Fc閾值代表兩條垂直線，默認(rèn)是fc，所以必須>=1
軸說(shuō)明：X軸說(shuō)明文字，其中l(wèi)og2()是后臺(tái)自動(dòng)添加；Y軸說(shuō)明文字，其中-log10()是后臺(tái)自動(dòng)添加，可以使用acrobat illustrator進(jìn)行調(diào)整
字體：設(shè)置了期刊雜志中最常用的兩種字體：Times New Roman和Arial。如需使用其他字體，可以下載pdf或者svg圖片，然后使用acrobat illustrator進(jìn)行編輯
5，提交出圖
檢查通過(guò)，并且參數(shù)選好后，點(diǎn)擊“提交”按鈕，約5s后，會(huì)在頁(yè)面上右側(cè)顯示雙色或四色火山圖。我們提供了pdf、svg兩種矢量圖，png、tiff兩種標(biāo)量圖供大家下載使用?？梢允褂胊crobat illustrator等軟件編輯矢量圖，進(jìn)行組圖，調(diào)整文字位置，添加說(shuō)明等操作，以滿足個(gè)性化需求。
下圖為雙色火山圖（不標(biāo)名字）。
注意：選擇標(biāo)注名字時(shí)，如果點(diǎn)很密，則后臺(tái)僅會(huì)標(biāo)注比較離散的點(diǎn)，不會(huì)全部標(biāo)注。
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