我們知道在R里面顛倒一個向量用rev函數(shù)，但是這個函數(shù)貌似對字符串不起作用。
那么今天小編就來跟大家一起掰次掰次如何在R里面reverse一個字符串。那么顛倒一個字符串究竟有什么用呢？除了酷炫以外。當(dāng)然是有用的，例如我們手上如果有一個DNA序列，我們?nèi)绾稳カ@取它的反向互補序列。今天我們先來解決反向的問題，下一次我們在來解決互補的問題。下面給大家介紹5種不同的方法。
假如現(xiàn)在我們手上有這么一條DNA序列，我們需要取它的反向序列
dna='ATTTAGCGATGCGGCTATGCTATCGGA'
方法1. strsplit分割成字符串向量，rev之后再合并起來
我們用proc.time()來計算以下每種方法所用的時間
start <- proc.time()
splits <- strsplit(dna, "")[[1]]
reversed <- rev(splits)
final_result <- paste(reversed, collapse = "")
final_result
end <- proc.time()
print(end - start)
方法2. 使用R內(nèi)置的utf8ToInt函數(shù)將字符串轉(zhuǎn)換成一個整數(shù)的數(shù)值向量，rev之后再轉(zhuǎn)換成字符串
start <- proc.time()
final_result <- intToUtf8(rev(utf8ToInt(dna)))
final_result
end <- proc.time()
print(end - start)
方法3. 使用stringi包
library(stringi)
start <- proc.time()
final_result <- stri_reverse(dna)
final_result
end <- proc.time()
print(end - start)
方法4. 使用IRanges包
library(IRanges)
start <- proc.time()
final_result <- IRanges::reverse(dna)
final_result
end <- proc.time()
print(end - start)
方法5. 使用Biostrings包
我們前面在講?R如何將fasta轉(zhuǎn)成dataframe的時候就使用過Biostrings這個R包。
library(Biostrings)
start <- proc.time()
final_result <- Biostrings::reverse(dna)
final_result
end <- proc.time()
print(end - start)
從上面的結(jié)果我們可以看出，方法3使用stringi包的速度最快。俗話說，條條大路通羅馬，不管白貓還是黑貓，抓住老鼠就是好貓。
參考資料：
