二，Illumina Hiseq 測序的相關(guān)內(nèi)容

組成：

1，高精度顯微光學掃描儀

2，一整套液流系統(tǒng)

3，計算機軟硬件

4，溫控系統(tǒng)

flowcell---lane---swath---tile---四張照片

如何從圖像文件得到測序數(shù)據(jù)

1，掃描出來的初始文件是一個.tiff文件（圖像文件），但是文件太大，只作為中間文件使用。

2，由軟件對四張圖片進行匹配，找到最合適的位置，ACTG是均勻存在的，易匹配。（若一些堿基特別多，一些堿基很少，那么一些圖就特別亮，一些就特別暗，所以就會提供一些堿基平衡文庫，如人類基因組文庫或illuminate提供的標準的phix文庫。

3，bcl文件難以閱讀并很難改動，將bcl文件經(jīng)bcl2FASTQ軟件處理得到FASTQ文件。.CIF文件是可保留的圖像文件(客戶可以向測序公司提出保留.cif)，比.tiff小很多，Hiseq升級到v10以后，.cif文件保留被取消。

ACTG相對應的四種熒光素在四種波長的光下有四種不同的貢獻率，組成一個4*4的貢獻率表格，等于一個4元一次方四聯(lián)方程。

phasing：主要是由酶活性不足引起的。如5000個序列同時測序，由于某些序列上堿基的延伸掉隊的情況，循環(huán)次數(shù)越多掉隊越多。

prephasing：堿基增添時比大部隊超前的情況。是由于dNTP上的疊N基團掉了。

chasting：濃度最高的熒光素的量/（最高+第二高）。標準>0.6.

PF篩選：一條read的錢25個堿基中，最多只能有一個堿基chastiny<0.6.

Quality Score:

Pe:Possibility of error，即某堿基判讀錯誤的可能性。

Q:Q30即出錯的可能性為1/1000。

Q30比例：指在所有PF數(shù)據(jù)中達到或超過Q30標準的數(shù)據(jù)比例。

FASTQ文件中的Q值是+33轉(zhuǎn)化ASCALL存入的。

FASTQ

1，序列目錄,即該read來自哪個Hiseq，第幾個RUN,第幾個lane，第幾個tile，及xy軸的位置。

2，堿基序列。

3，及其對應堿基序列的質(zhì)量信息。