跟著Cell學(xué)作圖|7.富集分析(Metascape數(shù)據(jù)庫(kù))
“實(shí)踐是檢驗(yàn)真理的唯一標(biāo)準(zhǔn)。”
“復(fù)現(xiàn)是學(xué)習(xí)R語(yǔ)言的最好辦法?！?/p>
這篇2020年發(fā)表在cell上關(guān)于新冠的組學(xué)文章里面有大量的生信內(nèi)容。今天帶大家復(fù)現(xiàn)其中的一個(gè)Supplemental Figure：富集分析。
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本文示例數(shù)據(jù)領(lǐng)?。汉笈_(tái)回復(fù)“20210430”
富集分析
基因功能富集分析，是指借助各類數(shù)據(jù)庫(kù)和分析工具進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析，挖掘在數(shù)據(jù)庫(kù)中與我們要研究的生物學(xué)問(wèn)題具有顯著相關(guān)性的基因功能類別。它的統(tǒng)計(jì)原理是用超幾何分布型來(lái)檢驗(yàn)一組基因（共表達(dá)或差異表達(dá))中某個(gè)功能類的顯著性，通過(guò)離散分布的顯著性分析、富集度分析和假陽(yáng)性分析, 得出與實(shí)驗(yàn)?zāi)康挠酗@著關(guān)聯(lián)的、低假陽(yáng)性率的及靶向性的基因功能類別。
Metascape數(shù)據(jù)庫(kù)
Metascape將40多種生物信息學(xué)知識(shí)庫(kù)整合到一個(gè)單一的用戶界面中。數(shù)據(jù)庫(kù)更新更快，效果更好。輸出結(jié)果容易理解，圖表質(zhì)量較高。整合了GO、KEGG、UniProt和DrugBank等多個(gè)權(quán)威的數(shù)據(jù)資源，使其不僅能完成通路富集和生物過(guò)程注釋，還能做基因相關(guān)的蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)分析和涉及到的藥物分析。
繪制
1. 打開數(shù)據(jù)庫(kù)
2. 輸入文件格式
其他格式可點(diǎn)擊示例數(shù)據(jù)查看：
3. 粘貼基因列表或者上傳基因文件
點(diǎn)擊Submit提交。
4.設(shè)置物種
5. 開始富集
-
可以直接點(diǎn)擊
Express Analysis。默認(rèn)的
Express Analysis會(huì)把許多個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)，如Reactome、KEGG、Hallmark和GO數(shù)據(jù)庫(kù)全部一起展示。 點(diǎn)擊
custome Analysis進(jìn)行設(shè)置。
我們以GO富集為例：
選好后，點(diǎn)擊左上角enrichment analysis。
分析時(shí)，基因組中的所有基因都被用作富集背景基因。默認(rèn)閾值為，p< 0.01、最小計(jì)數(shù)為3、富集因子> 1.5(富集因子是觀察到的計(jì)數(shù)和偶然期望的計(jì)數(shù)之間的比率)的條目被收集，并根據(jù)它們的隸屬關(guān)系相似性分組到集群中。
6. 結(jié)果
打開圖片，可保存為PDF.
其他數(shù)據(jù)庫(kù)，如KEGG，步驟類似。
寫在后面：
本系列重在復(fù)現(xiàn)，所以有些細(xì)節(jié)可能講的不是很詳細(xì)。大家有問(wèn)題可以后臺(tái)私信，或者在我的B站：
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往期內(nèi)容：
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