目錄
前記
1、下載和安裝
2、使用介紹
2.1、繪制簡單的遺傳圖譜
2.2、繪制帶格式的遺傳圖譜
2.2.1、對連鎖群名稱的注釋
2.2.2、對分子標(biāo)記的注釋
2.2.3、設(shè)置背景板樣式
2.3、繪制標(biāo)識多個(gè)連鎖群共線性的遺傳圖譜
2.3.1、連鎖群名稱的設(shè)置
2.3.2、分子標(biāo)記/位點(diǎn)的設(shè)置
2.3.3、連鎖群區(qū)域突出顯示
2.4、繪制QTL在連鎖群（染色體）上的位置
2.5、繪制多個(gè)連鎖群的遺傳圖譜
2.6繪制帶有LOD值曲線的遺傳圖譜
前記
MapChart是一款用來可視化遺傳圖譜和QTL的軟件，在QTL定位研究中被經(jīng)常使用，有助于科研人員直觀地了解遺傳圖譜和QTL的相關(guān)信息。下面對該軟件的安裝和使用做簡單介紹，并以其中的示例文件介紹其使用的相關(guān)細(xì)節(jié)。
MapChart官網(wǎng)：
Mapchart - WUR
https://www.wur.nl/en/show/mapchart.htm
參考文獻(xiàn)：Voorrips, R.E., 2002. MapChart: Software for the graphical presentation of linkage maps and QTLs. The Journal of Heredity 93 (1): 77-78.
1、下載和安裝
進(jìn)入官網(wǎng)后，下載右側(cè)的MapChart2.32安裝包和MapChart license file。
注意下方的提示，下載后的兩個(gè)文件需要放到同一個(gè)文件夾下。
2、使用介紹
2.1、繪制簡單的遺傳圖譜
按上述格式整理分子標(biāo)記名稱和遺傳位置信息，每個(gè)連鎖群需要有對應(yīng)的名稱，輸出結(jié)果如下。
2.2、繪制帶格式的遺傳圖譜
一些遺傳圖譜中中的信息需要進(jìn)行顏色字體等注釋，以突出目的分子標(biāo)記或染色體區(qū)段。
2.2.1、對連鎖群名稱的注釋
普通樣式：group/GRUOP+<連鎖群名稱>
可設(shè)置樣式：
1、添加字符A，隱藏連鎖群的名稱；
2、添加字符B，加粗字體；
3、添加字符C+數(shù)字，設(shè)置字體顏色；（例如C4）
4、添加字符E=數(shù)字，設(shè)置連鎖群的終止位置；（例如E=120）
5、添加字符F+數(shù)字，設(shè)置連鎖群的填充顏色；（例如F7）
6、添加字符V=數(shù)字，設(shè)置連鎖群垂直下移長度，單位mm；（例如V=60）；
7、添加字符U，設(shè)置字體下劃線。
2.2.2、對分子標(biāo)記的注釋
常用注釋樣式：
1、添加字符B，加粗字體；
2、添加字符C+數(shù)字，設(shè)置字體顏色；（例如C4）
3、添加字符I，設(shè)置斜體；
4、添加字符S+數(shù)字，設(shè)置字體大?。唬ɡ鏢14）
5、添加字符U，設(shè)置字體下劃線。
2.2.3、設(shè)置背景板樣式
默認(rèn)樣式：白色透明背景。
設(shè)置路徑：菜單欄-Tools-Chart Options
示例如下：
以上例子設(shè)置后的輸出結(jié)果如下：
2.3、繪制標(biāo)識多個(gè)連鎖群共線性的遺傳圖譜
當(dāng)幾個(gè)連鎖群上存在一些具有共線性或同源性關(guān)系的分子標(biāo)記或位點(diǎn)時(shí)，常常需要進(jìn)行連線表示，以直觀地顯示這些位點(diǎn)之間的同源性關(guān)系。在MapChart中，位于不同連鎖群上的具有同源性的位點(diǎn)會顯示出同樣的顏色，并以線條進(jìn)行連接。
2.3.1、連鎖群名稱的設(shè)置
1、添加字符R，可將連鎖群進(jìn)行倒置；
2、添加字符m，可將連鎖群進(jìn)行鏡像翻轉(zhuǎn)；
3、添加字符v=數(shù)字，將連鎖群向上（負(fù)數(shù)）或向下（正數(shù)）平移；
2.3.2、分子標(biāo)記/位點(diǎn)的設(shè)置
將需要進(jìn)行共線性標(biāo)識的分子標(biāo)記進(jìn)行命名，例如h1、h2、h3等，不同連鎖群上具有共線性的分子標(biāo)記設(shè)置為同樣的名稱，MapChart會根據(jù)名稱進(jìn)行線性連接。
2.3.3、連鎖群區(qū)域突出顯示
連鎖群信息末尾添加內(nèi)容：
segments
start_position end_position C+數(shù)字
設(shè)置之后的輸出結(jié)果如下：
2.4、繪制QTL在連鎖群（染色體）上的位置
此部分需要輸入兩部分內(nèi)容：
1、連鎖群信息（遺傳圖譜）
2、QTL的信息（遺傳位置）
具體設(shè)置如下：
在連鎖群信息的下方隔一行輸入QTL的位置信息，格式為：
QTLs
start_outer start_inner end_inner end_outer，分別代表QTL起始的置信區(qū)間和終止的置信區(qū)間。
可對QTL進(jìn)行注釋，例如B（斜體）、C（顏色）、F（填充）、L（線條樣式）。
設(shè)置后輸出結(jié)果如下所示：
注：繪制多個(gè)連鎖群時(shí)，在連鎖群后添加字符P，可以使該連鎖群處于下一頁顯示。
2.5、繪制多個(gè)連鎖群的遺傳圖譜
如示例文件5所示。
輸出結(jié)果如下：
2.6繪制帶有LOD值曲線的遺傳圖譜
QTL定位研究中，常常需要將定位所得的位點(diǎn)的效應(yīng)和所在的染色體連鎖群結(jié)合起來，這樣可以直觀地顯示QTL的位置和效應(yīng)大小。
主要的步驟如下：
1、輸入連鎖群的分子標(biāo)記信息，標(biāo)記名稱和遺傳位置；
2、QTL信息輸入，名稱等附加信息；
3、圖片尺寸的設(shè)置，S（刻度間隔）和H（Y軸最大值）；
4、曲線的設(shè)置，閾值，L（線條樣式）；
5、設(shè)置圖片信息（遺傳位置、所在連鎖群、LOD值和位點(diǎn)名稱），見下圖。
示例文件如下所示：
設(shè)置后的輸出結(jié)果如下：
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