volcano2.0.jpg

今天我們復(fù)現(xiàn)一幅前兩天發(fā)表在Cell上的火山圖。

DOI:https://doi.org/10.1016/j.cell.2022.02.027

之前復(fù)現(xiàn)過火山圖：

• 跟著CELL學(xué)作圖|1.火山圖
• 答疑| ggplot 繪制火山圖并添加文字標(biāo)簽
• 跟著Cell學(xué)作圖 | 雙曲線火山圖

Snipaste_2022-04-10_22-32-02.png

讀圖

和普通的火山圖相比有幾個地方不同：

1. 散點大小根據(jù)表達量匹配
2. 散點的邊框與填充問題
3. 圖例散點的大小問題

結(jié)果展示

Snipaste_2022-04-10_22-28-35.png

示例數(shù)據(jù)和代碼領(lǐng)取

詳見： https://mp.weixin.qq.com/s/Oyb0xY0byIJwgdWgsM9vCg

繪制

library(ggplot2)
library(RColorBrewer)
library(ggrepel)
rm(list = ls())
df <- read.csv("df1.csv",row.names = 1) 
## 添加一列l(wèi)ogCPM
df$logCPM = runif(179,0,16)
#確定是上調(diào)還是下調(diào)，用于給圖中點上色
df$threshold = factor(ifelse(df$P_value  < 0.05 & abs(df$fd) >= 0.25, ifelse(df$fd >= 0.25 ,'Up','Down'),'NoSignifi'),levels=c('Up','Down','NoSignifi'))
df$gene <- row.names(df) #添加一列基因名，以便備注
ggplot(df,aes(x=fd,y= -log10(P_value),size = logCPM,fill = threshold))+
  geom_point(colour = "black", shape = 21, stroke = 0.5)+
  scale_size(limits  = c(2, 16))+ #控制最大氣泡和最小氣泡，調(diào)節(jié)氣泡相對大小
  scale_fill_manual(values=c("#fe0000","#13fc00","#bdbdbd"))+#確定點的顏色
  geom_text_repel(
    data = df[df$P_value<0.05&abs(df$fd)>1,],
    aes(label = gene),
    size = 4.5,
    color = "black",
    segment.color = "black", show.legend = FALSE )+#添加關(guān)注的點的基因名
  ylab('-log10 (Pvalue)')+#修改y軸名稱
  xlab('log2 (FoldChange)')+#修改x軸名稱
  geom_vline(xintercept=c(-0.25,0.25),lty=2,col="black",lwd=0.5) +#添加橫線|logFoldChange|>0.25
  geom_hline(yintercept = -log10(0.05),lty=2,col="black",lwd=0.5) +#添加豎線padj<0.05
  theme_classic(  # 主題設(shè)置，這個是無線條主題
    base_line_size = 1 # 坐標(biāo)軸的粗細
  )+
  guides(fill=guide_legend(override.aes = list(size=5)))+ #圖例圈圈大小
  theme(axis.title.x = element_text(size = 10, 
                                    color = "black",
                                    face = "bold"),
        axis.title.y = element_text(size = 10,
                                    color = "black",
                                    face = "bold", 
                                    vjust = 1.9, 
                                    hjust = 0.5, 
                                    angle = 90),
        legend.text = element_text(color="black", # 設(shè)置圖例標(biāo)簽文字
                                   size = 7, 
                                   face = "bold")
  )


ggsave("volcano_2.0.pdf", height = 4, width = 5)

往期內(nèi)容

1. (免費教程+代碼領(lǐng)取)|跟著Cell學(xué)作圖系列合集
2. Q&A | 如何在論文中畫出漂亮的插圖？
3. 跟著Nat Commun學(xué)作圖 | 1.批量箱線圖+散點+差異分析
4. 跟著Nat Commun學(xué)作圖 | 2.時間線圖
5. 跟著Nat Commun學(xué)作圖 | 3.物種豐度堆積柱狀圖
6. 跟著Nat Commun學(xué)作圖 | 4.配對箱線圖+差異分析
7. 跟著Nature學(xué)作圖 | 配對啞鈴圖+分組擬合曲線+分類變量熱圖
8. 跟著 Nat Med. 學(xué)作圖 | GSVA+limma差異通路分析+發(fā)散條形圖