pysam處理bam文件使用心得

探序基因腫瘤研究院 整理


1. 打開(kāi)bam文件，迭代所有的reads

import pysam

bam_file = "input.bam"

with pysam.AlignmentFile(bam_file, "rb") as bam:

? ?? for read in bam:

? ? ? ?? print(read.query_name)

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