在裝好了環(huán)境（SnpHub搭建 | CentOS 7下配置SnpHub所需系統(tǒng)環(huán)境）、準(zhǔn)備好了數(shù)據(jù)（SnpHub搭建 | 數(shù)據(jù)預(yù)處理與樣本描述文件準(zhǔn)備）、填好配置文件（SnpHub搭建 | 手動(dòng)處理數(shù)據(jù)后的配置文件填寫）之后，就可以準(zhǔn)備將SnpHub實(shí)例上線使用了。

1. Shiny-Server的安裝

官方介紹：Open Source Shiny Server provides a platform on which you can host multiple Shiny applications on a single server, each with their own URL or port. It enables you to support non-websocket-enabled browsers like Internet Explorer 10, and is available under an AGPLv3 license.

官方安裝教程：Download Shiny Server for Red Hat/CentOS 6+

官方配置教程：Shiny Server Professional v1.5.14 Administrator's Guide

wget https://download3.rstudio.org/centos6.3/x86_64/shiny-server-1.5.14.948-x86_64.rpm
sudo yum install --nogpgcheck shiny-server-1.5.14.948-x86_64.rpm

2. Shiny-server的簡(jiǎn)單配置與SnpHub實(shí)例上線

安裝完成后，默認(rèn)配置文件路徑為/etc/shiny-server/shiny-server.conf

去掉注釋后，配置文件內(nèi)容如下：

run_as shiny;

server {
  listen 3838;

  location / {
    site_dir /srv/shiny-server;
    log_dir /var/log/shiny-server;

    directory_index on;
  }
}

這表示，shiny-server正在監(jiān)聽3838端口，有一個(gè)URL路徑是URL根目錄。shiny應(yīng)用放在路徑/srv/shiny-server中，應(yīng)用日志放在/var/log/shiny-server中。

當(dāng)訪問URL<ip>:3838/的時(shí)候，shiny-server會(huì)在路徑/srv/shiny-server中尋找index.html文件。

directory_index項(xiàng)表示當(dāng)未尋找到index.html文件時(shí)，是否列出文件夾內(nèi)各文件（夾）。出于安全考慮，建議設(shè)為off。

如果把SnpHub實(shí)例整個(gè)文件夾命名為SnpHub-1，并放入路徑/srv/shiny-server中，則可以通過網(wǎng)址<ip>:3838/SnpHub-1訪問到。

如果瀏覽器返回?zé)o法連接服務(wù)器或類似錯(cuò)誤，請(qǐng)檢查對(duì)應(yīng)端口是否開放、Shiny-server是否運(yùn)行

3. Shiny-server配置其他應(yīng)用路徑

若只想改變應(yīng)用放置路徑或日志文件路徑，則更改site_dir或log_dir對(duì)應(yīng)的路徑即可。

若想增加應(yīng)用路徑，下述配置文件表示增加了shiny應(yīng)用目錄/user/someone/shinyApps。當(dāng)訪問<ip>:3838/App2/snphub-2時(shí)，shiny-server會(huì)在/user/someone/shinyApps路徑下（而非/srv/shiny-server）尋找shiny應(yīng)用snphub-2。

run_as shiny;

server {
  listen 3838;

  location / {
    site_dir /srv/shiny-server;
    log_dir /var/log/shiny-server;

    directory_index off;
  }

  location /App2 {
    site_dir /user/someone/shinyApps;
    log_dir /user/someone/shinyLogs;

    directory_index off;
  }
}