簡單說明：
- 從2.28.0版開始，bedtools使用htslib庫支持CRAM格式
- 除了BAM文件，bedtools默認(rèn)所有的輸入文件都以TAB鍵分割
- 除非使用-sorted選項(xiàng)，bedtools默認(rèn)不支持大于512M的染色體
- 如果沒有使用-sorted參數(shù)對染色體按編碼順序進(jìn)行排序（e.g., sort -k1,1 -k2,2n ），則必須使用-g參數(shù)輸入相同排序染色體
- bedtools要求染色體命名方案在比較文件中是相同的（例如‘chr1’和‘1’不能同時(shí)存在）
1 genomecov
計(jì)算基因組水平上的reads覆蓋度，可以以單個(gè)點(diǎn)位顯示(-d)，或者以bed格式顯示（-bg）。
在運(yùn)行之前，保證
（1） 輸入的bed/vcf/gff 文件時(shí)，要對齊進(jìn)行排序(sort -k1,1 -k2,2n), 且提供 -g genome 文件
（2） 輸入ban文件時(shí)，使用ibam 參數(shù)，先對bam文件進(jìn)行sort，可不加-g 參數(shù)
如下
bedtools genomecov -bga -pc -ibam F_T02.sorted.bam >F_T02.frag.cov
head F_T02.frag.cov
YYchr1 0 183326 0
YYchr1 183326 183590 1
YYchr1 183590 187919 0
YYchr1 187919 188138 1
YYchr1 188138 190127 0
YYchr1 190127 190272 1
YYchr1 190272 190354 0
# -bg： 以bed文件輸入
# -bga： 如上一樣，但同時(shí)輸入覆蓋度為0的區(qū)域
以上結(jié)果中，第一列染色體，2，3列，位置區(qū)域，第4列 coverage，該區(qū)域的定義如下所示
