《著作權(quán)法》第19條：“受委托創(chuàng)作的作品，著作權(quán)的歸屬由委托人和受托人通過合同約定。合同未作明確約定或者沒有訂立合同的，著作權(quán)屬于受托人?！鳖}目中的軟件屬于委托作品，題干中就著作權(quán)歸屬，委托合同中沒有明確約定，所以著作權(quán)應(yīng)當(dāng)歸屬于受托人，應(yīng)該歸乙公司所有，Ａ項錯誤；

? ? ? ? 《著作權(quán)糾紛案件解釋》第27條規(guī)定：侵害著作權(quán)的訴訟時效為三年，自著作權(quán)人知道或者應(yīng)當(dāng)知道權(quán)利受到損害以及義務(wù)人之日起計算。權(quán)利人超過三年起訴的，如果侵權(quán)行為在起訴時仍在持續(xù)，在該著作權(quán)保護(hù)期內(nèi)，人民法院應(yīng)當(dāng)判決被告停止侵權(quán)行為；侵權(quán)損害賠償數(shù)額應(yīng)當(dāng)自權(quán)利人向人民法院起訴之日起向前推算三年計算。乙公司雖然是在５年之后起訴，但侵權(quán)行為在起訴時仍在持續(xù)，并在該著作權(quán)保護(hù)期內(nèi)，所以法院應(yīng)當(dāng)判決被告停止侵權(quán)行為，Ｂ項錯誤；

? ? ? ? 《計算機軟件保護(hù)條例》第30條規(guī)定：“軟件的復(fù)制品持有人不知道也沒有合理理由應(yīng)當(dāng)知道該軟件是侵權(quán)復(fù)制品的，不承擔(dān)賠償責(zé)任；但是，應(yīng)當(dāng)停止使用、銷毀該侵權(quán)復(fù)制品。如果停止使用并銷毀該侵權(quán)復(fù)制品將給復(fù)制品使用人造成重

? ? ? ? 大損失的，復(fù)制品使用人可以在向軟件著作權(quán)人支付合理費用后繼續(xù)使用?！北净谏埔?，但也認(rèn)定侵權(quán)，只是不承擔(dān)賠償責(zé)任，但要停止使用，銷毀侵權(quán)復(fù)制品，Ｃ、Ｄ項正確。

? ? ? ? 綜上，本題答案為ＣＤ。