1. 認識CSV格式
打開方式
- 默認excel/numbers表格
- 記事本：逗號分隔列
- sublime（使用大文件）：逗號分隔列
- R語言讀?。簲?shù)據(jù)框，可賦值，變量名與文件名無必然聯(lián)系，對數(shù)據(jù)框修改不會同步到表格文件
2. 認識分隔符
- 常見：逗號，空格，制表符（\t，Tab）
- CSV = Comma Separated Values，TSV = =Tab Separated Values
- 后綴名沒有意義，本質都是純文本
jimmy：電腦上的文件只有兩種，文本與非文本
3. 表格文件讀入R語言，成為數(shù)據(jù)框
read.csv() # 通常讀取CSV格式
read.table() # 通常用于讀取txt格式
test = read.csv('ex3.csv') # 文件名均需引號
- 讀取可能會失?。篹rror或跟想象中不一樣，若失敗需要指定一些參數(shù)
4. 數(shù)據(jù)框導出，成為表格文件
write.csv() # 存儲為CSV格式
write.csv(test,file = 'example.csv')
#test：要導出數(shù)據(jù)框的變量名，example.csv：導出的文件命名
write.table() # 存儲為txt格式
write.table(test,file = 'example.txt')
- 讀取-編輯修改-導出
- 不要覆蓋原文件
5. R特有的數(shù)據(jù)格式：Rdata
- R語言特有數(shù)據(jù)存儲格式，無法用其他軟件打開
- 保存的是變量，不是表格文件，不涉及賦值
- save()保存，load()加載
save(test,file = 'example.Rdata') # 無論命名如何，均是Rdata文件
load('example.Rdata') #不用賦值，不用寫 x = load('example.Rdata')
6.常見錯誤：找不到文件
- 文件沒有存放于工作目錄下
- 拼寫錯誤
- 默認參數(shù)不適用于你當前讀取的文件，也會報錯
7. R語言能讀取的文件格式
- 通用格式：csv，xls，txt，tsv，json，pdf，spss……
- 生信格式：fasta，fastq，bam，vcf，bed，gtf……
8. 用于讀取/導出文件的R包
http://www.itdecent.cn/p/4ea320c0dcc6
- 對于常見格式，可以先嘗試import導入（其實import是根據(jù)fread函數(shù)寫的）；
- 如果失敗，再用fread讀取，最多是加個參數(shù)，理論上就可以成功；
- 如果還是不行，哈德雷大神寫的read_*系列也不是吃素的，拿來試試。
- base包有點笨，但他參數(shù)多，更靈活，可以作為一個選擇。
