最近在比較樣本間TAD的差異，看到有個(gè)R包TADCompare可以做，學(xué)了一下，這個(gè)R包功能比較齊全，可以比較，還能直接出圖，很方便。接受很多格式的輸入。
用法官網(wǎng)

安裝

# 方法1：conda安裝

conda install bioconductor-tadcompare -c bioconda -c conda-forge

# 方法2：在R中安裝

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("TADCompare")
library(TADCompare)

使用

導(dǎo)入需要的庫，沒有的安裝一下

library(dplyr)
library(SpectralTAD)
library(TADCompare)

輸入格式，我們這里接HiC-Pro的結(jié)果

# Read in both files
mat1 <- read.table("sample1_100000.matrix")
bed1 <- read.table("sample1_100000_abs.bed")
# Matrix 2
mat2 <- read.table("sample2_100000.matrix")
bed2 <- read.table("sample2_100000_abs.bed")
# Convert to modified bed format
sparse_mats1 <- HiCcompare::hicpro2bedpe(mat1,bed1)
sparse_mats2 <- HiCcompare::hicpro2bedpe(mat2,bed2)
# Remove empty matrices if necessary
# sparse_mats$cis = sparse_mats$cis[sapply(sparse_mats, nrow) != 0]
# Go through all pairwise chromosomes and run TADCompare
sparse_tads = lapply(1:length(sparse_mats1$cis), function(z) {
  x <- sparse_mats1$cis[[z]]
  y <- sparse_mats2$cis[[z]]
  
  #Pull out chromosome
  chr <- x[, 1][1]
  #Subset to make three column matrix
  x <- x[, c(2, 5, 7)]
  y <- y[, c(2, 5, 7)]
  #Run SpectralTAD
  comp <- TADCompare(x, y, resolution = 100000)
  return(list(comp, chr))
})

# Pull out differential TAD results
diff_res <- lapply(sparse_tads, function(x) x$comp)
# Pull out chromosomes
chr      <- lapply(sparse_tads, function(x) x$chr)
# Name list by corresponding chr
names(diff_res) <- chr