1、鏈特異性測(cè)序的目的
現(xiàn)在二代測(cè)序主要有PE和SE兩種策略，PE主要用于RNA-seq，SE主要用于小RNA測(cè)序（短片段文庫測(cè)序）。
PE測(cè)序，我們可以得到read1和read2；SE測(cè)序，我們只有read1。
鏈特異性測(cè)序的目的就是保證絕大多數(shù)的read1都和基因方向相同（或相反）。
2、read1\read2怎么來的
read1 & read2
測(cè)序儀讀取序列的時(shí)候是由先后順序的，因?yàn)镻7接頭首先和flowcell結(jié)合。
于是先按read1 primer的方向讀取read1，再按read2 primer的方向讀取read2。
如果保證每個(gè)插入片段，都按同樣的方向加上接頭（比如5‘加P5接頭，3’加P7接頭），那么，測(cè)序的時(shí)候就會(huì)先測(cè)插入片段的5'端，再測(cè)插入片段的3‘端，插入片段的方向就可以確定了。
3、RNA-seq如何實(shí)現(xiàn)鏈特異性
普通RNA-seq
普通的RNA-seq，一段原始的RNA序列，完成cDNA的合成后，我們無法得知哪一條鏈?zhǔn)窃嫉牧?，再加上Y型接頭，進(jìn)行PCR擴(kuò)增后，有的原始片段可能5‘連接的是P5，有的可能連的P7，所以最后測(cè)到的序列一半和原始序列的方向相同一半相反，無法得知序列來自DNA的那一條鏈。
dUTP-鏈特異性RNA-seq
利用dUTP摻入的方法，在加Y型接頭之后，可以把第二鏈消化，留下反轉(zhuǎn)錄得到的第一條鏈，于是，第一鏈的5’端總和P5(P7)相連，可以得知測(cè)序得到序列的方向。
4、小RNA測(cè)序應(yīng)該也是鏈特異性的
NEB小RNA文庫
如圖構(gòu)建NEB的小RNA文庫，小RNA的5’端可以保證和P5相連，3‘端可以保證和P7相連，所以read1就代表小RNA在基因組上的方向，是鏈特異性的。
