在scRNA-seq中，既需要technical replicates,也需要biological replicates。很多時(shí)候我們需要將這些數(shù)據(jù)合并后進(jìn)行處理。通常我們可以選擇直接合并，即不做任何改變將兩組數(shù)據(jù)混合，但有時(shí)候?yàn)榱讼齜atch effect, 我們會(huì)對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行一定處理。這個(gè)時(shí)候有一個(gè)方法可以派上用場(chǎng)：CCA（canonical correlation analysis），其具體使用可以參照SATIJA LAB開(kāi)發(fā)的Seurat package.不過(guò)當(dāng)我們需要比較兩組的差距時(shí)，我們顯然需要直接合并。這時(shí)可以用到的function常常有Whichcells, row.names, as.matrix, dim, merge等。