前言

OK，這里只是初嘗關聯(lián)分析，有很多參數(shù)上的設置，及說明

請參考其他文章（有空會在最下面補上）。

書接上一回（GWAS分析-說人話（4）合并數(shù)據(jù)），當我們整理好了一個合并后的對照組和實驗組數(shù)據(jù)后，就可以“發(fā)動咒語，啟動大招了”！

/Users/seedson/Downloads/plink_mac_20190617/plink --noweb --bfile /Users/seedson/mergefilesclcvscontrol --allow-no-sex --assoc --out sccontrol

說人話：

告訴電腦Plink位置

/Users/seedson/Downloads/plink_mac_20190617/plink?

不要檢查基于Web的版本

--noweb?

“施法對象”，明顯是一個二進制文件（bfile），b格高的文件？b是二進制（binary）啦～

--bfile /Users/seedson/mergefilesclcvscontrol?

我的數(shù)據(jù)沒有性別數(shù)據(jù)，不用看性別這一欄

--allow-no-sex?

#法術名稱：關聯(lián)分析！

--assoc?

#輸出結果（就是你分析完后，得有個記錄啊，分析后的數(shù)據(jù)要找個地方寫下來?。。?/p>

--out sccontrol

結束畫面，看到Done 是不是唄爽？我是不會告訴你我一開始沒有寫--allow-no-sex報錯了幾次的～

系統(tǒng)自動生成文件

系統(tǒng)相應位置自動生成關聯(lián)分析文件

好的，結果出來了。大白話就是：小白可能還不知道看哪個結果...

sccontrol.assoc?

有“.assoc”這個后綴的文件就是關聯(lián)分析結果啦！

好了，怎樣看這個文件？

不要告訴我雙擊就好?。?a href="http://www.itdecent.cn/p/43c08c3ae541" target="_blank">GWAS分析-說人話（3）打開文件）

其實重點是，我希望輸出這個文件達到雙擊的目的，怎樣做？

其實就是要后續(xù)分析啦，不是單純?yōu)榱丝催@個那么low的目的了。

sort -o

sort -o sort1.txt sccontrol.assoc?

獲得：sort1.txt 文件（TXT?。。。?！是不是很熟悉的面孔?。。?/p>

右鍵Excel打開就好了～

看到這個P值欄，有沒有很感動？！

Excel結果

這里就獲得放進R或者python等作圖工具的數(shù)據(jù)啦～

以上！～