多組學(xué)分析之間一定要保證不同組學(xué)，以及上下游都使用相同的參考基因組，這次筆記每個物種數(shù)據(jù)涉及兩個組學(xué)維度的數(shù)據(jù)，所有一定要保證這兩組學(xué)數(shù)據(jù)用的同一個參考基因組，也就是使用的.gtf 和 .fa 文件要一致~

cellranger 用到參考基因組構(gòu)建，這里使用使用UCSC的基因組演示：
Index of /goldenPath/danRer11/bigZips (ucsc.edu)

cellranger 自定義構(gòu)建的參考基因組

wget https://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/danRer11/bigZips/danRer11.fa.gz
wget https://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/danRer11/bigZips/genes/danRer11.refGene.gtf.gz
gunzip danRer11.fa.gz
gunzip danRer11.refGene.gtf.gz
# 過濾gtf , 推薦，詳細(xì)原因可以看官網(wǎng) ， 防止重復(fù)對定量的影響
cellranger mkgtf danRer11.refGene.gtf danRer11.refGene.filtered.gtf --attribute=gene_biotype:protein_coding
cellranger mkref --genome=Drerio_genome --fasta=danRer11.fa --genes=danRer11.refGene.filtered.gtf
## 等參考基因組運行完才可以接下來運行

運行cellranger count的參考代碼

ID=danio_rerio_snRNA_10x
transcriptome=/path_toRef_genome/10x_cellranger_result_ref_USUC/refGenome_USUC/Drerio/Drerio_genome
fastqs=/path_to_fastq/raw_data/220901B_snzf_snmonhy_snXeno/data/raw
sample=220901B_snzf
cellranger count --id=$ID \
                   --transcriptome=$transcriptome \
                   --fastqs=$fastqs \
                   --sample=$sample \
                   --localcores=80 \
                   --localmem=128 \
                   --include-introns=true \
                   --expect-cells=10000

cellranger-atac 的自定義構(gòu)建參考基因組

使用cellranger mkref 下面生成的fa和gtf , 否則文件格式報錯 , 在此示例中也就是上面運行 cellranger mkref 后生成的 Drerio_genome 基因組文件下的數(shù)據(jù)

# 在配置文件中輸入以下內(nèi)容后保存（字典格式）
{
    organism: "danio_rerio"
    genome: ["danio_rerio_genome"]
    input_fasta: ["/path_to_genome_fasta/10x_cellranger_result_ref_USUC/refGenome_USUC/Drerio/Drerio_genome/fasta/genome.fa"]
    input_gtf: ["/path_to_genome_genes/10x_cellranger_result_ref_USUC/refGenome_USUC/Drerio/Drerio_genome/genes/genes.gtf.gz"]
}

cellranger-atac mkref  --config=/path/to/config/sheep.config  

會在當(dāng)前目錄下生成danio_rerio_genome目錄，里面就是跑 ATAC 用到的參考基因組

看到如上信息，構(gòu)建成功

運行cellranger-atac count的參考代碼

cellranger-atac count \
    --id=snATAC_danio_rerio_count \
    --reference=/path_to_ref_genome/cellranger-10x-ref/ATAC-ref-UCSC/danio_rerio_genome \
    --fastqs=/path_to_fastq/snATAC_rawData/fish-20230909 \
    --sample=Fishhypo \
    --localcores=8 \
    --localmem=64

本筆記參考

10x 官網(wǎng)、 cellranger RNA 定量的參考基因組，ATAC 的定量參考基因組

https://www.10xgenomics.com/support/software/cell-ranger/latest/tutorials/cr-tutorial-mr

https://preview-newmar.herokuapp.com/single-cell-atac/software/pipelines/latest/advanced/references