Inferring the age of a fixed beneficial allele

2015 年發(fā)表在 Molecular Ecology 上。通訊作者為?School of Life Sciences, Ecole Polytechnique Federale de Lausanne (EPFL), Lausanne, Switzerland 的 Jeffrey D. Jensen。

推算有利等位基因的 allele age（接下來就直接叫做年齡啦）及其受選擇強(qiáng)度對于理解適應(yīng)過程很重要。已有幾種基于單倍型的對于單個有利變異的年齡推算方法。

研究者們開發(fā)了一種基于近似貝葉斯計(jì)算的方法，能夠在單個群體中計(jì)算固定下來的有利變異的參數(shù)。研究者們將現(xiàn)存多樣性、位點(diǎn)頻率譜、單倍型和連鎖不平衡都納入考慮。研究者們表明，對于 de novo 變異的強(qiáng)烈的選擇清掃，即使是在不符合平衡（應(yīng)該是哈溫平衡）的種群歷史的情況下，該方法也能夠估計(jì) allele age。研究者們還將該方法延伸到了作用于 standing variation 的選擇的模型，并且同時對于 在頻率達(dá)到什么水平時選擇開始發(fā)揮作用 進(jìn)行了估計(jì)。

研究者們將這一方法應(yīng)用于之前已經(jīng)鑒定的對于野生鹿鼠（deer mouse）群體中保護(hù)色突變的年齡以及選擇強(qiáng)度進(jìn)行了分析，并且與之前發(fā)表的結(jié)果、地理數(shù)據(jù)進(jìn)行了比較。