相信大家都聽說過circos圖，但是親自畫過的人可能就很少，這主要因為軟件的安裝和使用稍微有一點麻煩。其實，circos圖也是可以在線繪制的，這樣就簡單多了！一起來了解一下吧！
在circos官網(wǎng)（http://circos.ca/）的最右方有個“CIRCOS ONLINE”選項，這里可以實現(xiàn)在線繪制部分circos圖。
打開后界面如下：
以微生物多樣性分析中樣品與物種豐度circos圖繪制為例，給大家講解circos圖的繪制功能。該圖能夠很直觀的反映各樣品中不同物種所占的比例，以及物種在不同分組或者樣品中的分布關(guān)系。
繪制circos圖
1.數(shù)據(jù)準備
首先我們要做的就是準備畫圖所用到的數(shù)據(jù)，所用數(shù)據(jù)為物種在各樣品中的相對豐度，這里只選用豐度大于0.01的物種用于繪圖，數(shù)據(jù)如下（列名A、B、C為樣品，行名Acetobacteraceae等是科一水平的物種分類）：
OTUABC
Acetobacteraceae0.5063653216696110.5968872412369940.457528142134733
Arcobacteraceae0.0003294904846044670.0179133872520980.000426249200782749
Bacteroidaceae0.01752092807693420.04558718113953470.352221339584988
Dysgonomonadaceae0.001842974249051360.02565003004872960.0330226880824598
Lachnospiraceae0.005691857602178260.01390206286339050.0173870923992018
Lactobacillaceae0.174952205775860.2379461150250890.0588340146862225
Pseudomonadaceae0.00213263621353880.02862956070929480.0127991010016856
Ruminococcaceae0.003124728441908290.005061219761203110.0274388235522058
Sphingomonadaceae0.2578607015612780.007113946230875610.00898610815104722
由于網(wǎng)站要求的數(shù)據(jù)格式為非負整數(shù)，故將所有的數(shù)據(jù)乘1000（系統(tǒng)會自動截掉小數(shù)點后的數(shù)據(jù)），輸入數(shù)據(jù)則變?yōu)椋?/p>
OTUABC
Acetobacteraceae506.365321669611596.887241236994457.528142134733
Arcobacteraceae0.32949048460446717.9133872520980.426249200782749
Bacteroidaceae17.520928076934245.5871811395347352.221339584988
Dysgonomonadaceae1.8429742490513625.650030048729633.0226880824598
Lachnospiraceae5.6918576021782613.902062863390517.3870923992018
Lactobacillaceae174.95220577586237.94611502508958.8340146862225
Pseudomonadaceae2.132636213538828.629560709294812.7991010016856
Ruminococcaceae3.124728441908295.0612197612031127.4388235522058
Sphingomonadaceae257.8607015612787.113946230875618.98610815104722
2.繪圖
數(shù)據(jù)準備好就可以來繪制circos圖了，只需要導入數(shù)據(jù)就可以。
生成的圖片如下：
可以看到，圖中的物種和樣品完全是按照字母順序排列的，我們希望物種和樣品分別位列兩邊，這里可以人為的對其指定順序。方法也很簡單，就是在數(shù)據(jù)的第一行和第一列用數(shù)字來指定順序。如下：
OTUOTU1???2???3
OTUOTUABC
12Acetobacteraceae506.365321669611596.887241236994457.528142134733
10Bacteroidaceae17.520928076934245.5871811395347352.221339584988
8Dysgonomonadaceae1.8429742490513625.650030048729633.0226880824598
6Lachnospiraceae5.6918576021782613.902062863390517.3870923992018
11Lactobacillaceae174.95220577586237.94611502508958.8340146862225
7Pseudomonadaceae2.132636213538828.629560709294812.7991010016856
5Ruminococcaceae3.124728441908295.0612197612031127.4388235522058
9Sphingomonadaceae257.8607015612787.113946230875618.98610815104722
4Arcobacteraceae0.32949048460446717.9133872520980.426249200782749
第一行指定了樣品的順序，而第一列按豐度指定物種的順序。生成圖片時要勾選下圖紅框中的選項（排序所用），不然會報錯哦！
新圖如下：
圖中由于部分物種豐度較低，導致物種名重疊，解決這個問題可以改變文字的布局。這時就需要進行設(shè)置了。
3.圖片設(shè)置
點擊"settings"進入設(shè)置界面，會有很多的設(shè)置選項，可以對圖片進行細調(diào)。
這里只需要修改兩個地方即可，將下圖第一個紅框改為“no”，可以調(diào)整文字為垂直布局，避免重疊；但是如果物種名太長，又可能會超出圖片范圍，所以要縮小圓圈的半徑，即將第二個紅框改為small。
修改并保存設(shè)置后，重新生成圖片：
好了，今天小編就先給大家介紹到這里，希望對您的科研能有所幫助！祝您工作生活順心快樂！
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