2018.5.28 星期一 多云 biolearn

從PDB數(shù)據(jù)庫下載復(fù)合物的結(jié)構(gòu)有兩種方式，一是直接通過網(wǎng)頁檢索下載，二是使用rsync從PDB ftp端下載。

下載指定ID的PDB

PDB ftp 端的文件命名格式是 pdbID.ent.gz，所以在下載指定名字的PDB文件時，需要按照ftp上的命名規(guī)則命名下載，例如，下載名為1aay的結(jié)構(gòu)，下載的文件是gz格式，解壓后即為PDB文件。

wget ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/data/structures/all/pdb/pdb1aay.ent.gz
gunzip pdb1aay.ent.gz

下載全部的PDB文件

不同文件格式對應(yīng)的下載命令

PDB格式

rsync -rlpt -v -z --delete --port=33444 rsync.rcsb.org::ftp_data/structures/divided/pdb/ ./pdb

mmCIF格式

rsync -rlpt -v -z --delete --port=33444 rsync.rcsb.org::ftp_data/structures/divided/mmCIF/ ./mmCIF

xml格式

rsync -rlpt -v -z --delete --port=33444 rsync.rcsb.org::ftp_data/structures/divided/XML/ ./XML

解壓所有文件

將下載下來的所有.gz的文件進(jìn)行解壓并修改為.pdb的格式并存放在文件夾pdbstructure中的shell腳本

#!/bin/sh
mkdir pdbstructure
for filename in `ls ./pdb`
do
    gunzip ./pdb/$filename/*
    for subfile in `ls ./pdb/$filename`
    do
        target_name=${subfile:3:4}.pdb
        mv ./pdb/$filename/$subfile ./pdbstructure/$target_name
    done
done

參考資料

http://www.wwpdb.org/download/downloads