1.讀取文件

讀取DICOM序列

醫(yī)學圖像中一個CT序列包含很多張圖片，即一個case包含許多slice，使用SimpleITK可以直接讀取一個序列，并方便地得到各種參數(shù)，將圖像數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換成numpy Array：

import SimpleITK as sitk
import numpy as np
reader = sitk.ImageSeriesReader()
dicom_names = reader.GetGDCMSeriesFileNames(case_path)
reader.SetFileNames(dicom_names)
image = reader.Execute()
image_array = sitk.GetArrayFromImage(image) # z, y, x
origin = image.GetOrigin() # x, y, z
spacing = image.GetSpacing() # x, y, z

需要注意的是，SimpleITK讀取的圖像數(shù)據(jù)的坐標順序為zyx，即從多少張切片到單張切片的寬和高；而據(jù)SimpleITK Image獲取的origin和spacing的坐標順序則是xyz。這些需要特別注意。

讀取DICOM單張圖片

可以將一個DICOM序列作為一個整體一次讀入，也可以一張一張地讀入每張切片：

import SimpleITK as sitk
import numpy as np
image = sitk.ReadImage(slice_path)
image_array = sitk.GetArrayFromImage(image) # z, y, x

這里需要注意的除了坐標順序是zyx之外，還需注意，即使讀取單張切片，所得到的結(jié)果也是3維的，只不過第一維是1。

讀取mhd文件

涉及DICOM序列時，為了傳輸方便（從上百個dcm文件到一個mhd文件），很多情況下以mhd文件格式進行呈現(xiàn)，不過mhd文件只是一個很小的包含數(shù)據(jù)信息的文件，同時搭配的通常還有一個二進制的數(shù)據(jù)文件（格式為raw或zraw等）。使用SimpleITK讀取這種文件也比較方便。

import SimpleITK as sitk
import numpy as np
image = sitk.ReadImage(mhd_path)
image_array = sitk.GetArrayFromImage(image) # z, y, x
origin = image.GetOrigin() # x, y, z

有時候不想整個讀取數(shù)據(jù)（因為比較大，讀取處理比較慢），想要讀取的只是一些基本信息，比如origin、spacing等等。這時可以只讀取mhd文件，據(jù)此獲取信息，讀取方法比較簡單，不再贅述。

2.處理文件

處理DICOM文件主要有插值等操作，可以直接使用SimpleITK（或者說是ITK）的相關(guān)函數(shù)，并通過pipeline結(jié)構(gòu)進行處理。

插值

import SimpleITK as sitk
reader = sitk.ImageSeriesReader()
dicom_names = reader.GetGDCMSeriesFileNames(case_path) reader.SetFileNames(dicom_names)
image = reader.Execute()
resample = sitk.ResampleImageFilter()
resample.SetOutputDirection(image.GetDirection())
resample.SetOutputOrigin(image.GetOrigin())
newspacing = [1, 1, 1]
resample.SetOutputSpacing(newspacing)
newimage = resample.Execute(image)