圖鬼狐：跟著生信星球和生信技能樹(shù)的教程與視頻學(xué)了一周后，小白菜對(duì)收割生信的信心又加大了。今日開(kāi)始，小白菜記錄每天所學(xué)，學(xué)他一個(gè)月，那時(shí)應(yīng)該快到豐收的季節(jié)了。（星星眼）
（R和Rstudio的下載不講了）↓
R常用指令：這是個(gè)外部網(wǎng)站，對(duì)于使用較頻繁的指令整理的比較好，但是要開(kāi)VPN才能點(diǎn)開(kāi)鏈接了。
R的基本變量類型
# 1.向量
a=c(1,2,3)#c <- creat
a=c(1,"a",2)
a=1:10
a=seq(1,10)
a=LETTERS[1:7]
?
#2.數(shù)組
a=1:10
dim(a)=c(2,5)#兩行五列，改變a的維度
pheatmap::pheatmap(a)#畫熱圖
?
class(a)#a的類型
str(a)#查看a的結(jié)構(gòu)
is.matrix(a)#判斷a是否是矩陣
as.character(a)#改變a的結(jié)構(gòu)
?
#3.數(shù)據(jù)框
b=as.data.frame(a)#a和b數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)不一樣了
str(b)
?
#4.列表
b$V5#9 10
d=options()#option是一個(gè)內(nèi)置列表
length(d)#88個(gè)元素
e=d$repos#CRAN "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"
mode(e)#e是"character"
as.numeric(lapply(d,length))#查看d里面每個(gè)元素的長(zhǎng)度</pre>
讀取文本數(shù)據(jù)
#取元素
b[,3]
b[c(T,F),3]
#讀取文本數(shù)據(jù)
a=read.table("GSE28735_series_matrix.txt.gz",comment.char='!',header = T,sep = '\t')
#comment.char='!'是注釋符號(hào)的意思，表明！為注釋內(nèi)容，不讀
?read.table #不會(huì)就用它查看幫助
?
row.names(a)=a$ID_REF##去掉行名
a=a[,-1]#去掉第一列
a=log2(a)
pheatmap::pheatmap(a[1:10],)#畫熱圖</pre>
