RAxML最新的幫助手冊(cè)下載網(wǎng)址：
https://cme.h-its.org/exelixis/resource/download/NewManual.pdf?msclkid=5839f37ecd3311ecb803b0da71760484
教程網(wǎng)站：
https://cme.h-its.org/exelixis/web/software/raxml/hands_on.html
RAxML的安裝參考上面的教程，或者使用conda安裝：
conda install -c bioconda raxml
要查看是否成功安裝上：
which raxmlHPC
常用命令：
raxmlHPC -PTHREADS-AVX2 -f a -x 123456 -p 123456 -q .txt -s .fasta -m GTRGAMMA? -N 1000 -n output? -k
raxmlHPC -h
#查看幫助命令
-f a?
# it allows you to select what kind of aglorithm RAxML shall execute.此參數(shù)用于選擇RAxML運(yùn)算的算法，a表示執(zhí)行快速Bootstrap分析并搜索最佳得分的ML樹
-x 12345
# rapidBootstrap random number seed 指定一個(gè)int數(shù)作為隨機(jī)種子，以啟用快速Bootstrap算法
-p 12345
#指定一個(gè)隨機(jī)數(shù)作為parsimony inferences 的種子
-# 1000 或 -N 1000
#number of runs 指定bootstrap的次數(shù)
-m GTRGAMMA
#substitutionmodel 指定核苷酸替代模型，PORT表示氨基酸替代模型，GTR表示堿基替代模型， GAMMA表示使用GAMMA模型
-s input.phy
#sequencefile name指定輸入文件，.phy格式的多序列比對(duì)文件。也可以用.fasta文件，軟件包中包含一個(gè)程序來(lái)將fasta格式轉(zhuǎn)換為.phy格式
-n
#outputfile name 輸出文件
-T 30
#指定多線程運(yùn)行的CPUs
-q
#multiplemodelparafile指定partitionfinder文件
-k
# specifies that bootstrapped trees should be printed with branch length.default:OFF
結(jié)果文件：
RAxML_bipartitions.ex
