? ? ? ?Blast 的運(yùn)行方式是先用目標(biāo)序列建數(shù)據(jù)庫(kù)（這種數(shù)據(jù)庫(kù)稱為database，里面的每一條序列稱為subject），然后用待查的序列（稱為query）在database 中搜索，每一條query 與database 中的每一條subject 都要進(jìn)行雙序列比對(duì)，從而得出全部比對(duì)結(jié)果。
blastp：蛋白序列與蛋白庫(kù)做比對(duì)，直接比對(duì)蛋白序列的同源性。
blastx：核酸序列與蛋白庫(kù)的比對(duì)，先將核酸序列翻譯成蛋白序列（根據(jù)相位可以翻譯為6種可能的蛋白序列），然后再與蛋白庫(kù)做比對(duì)。
blastn：核酸序列對(duì)核酸庫(kù)的比對(duì)，直接比較核酸序列的同源性。
tblastn：蛋白序列對(duì)核酸庫(kù)的比對(duì)，將庫(kù)中的核酸翻譯成蛋白序列，然后進(jìn)行比對(duì)。
tblastx： 酸序列對(duì)核酸庫(kù)在蛋白級(jí)別的比對(duì)，將庫(kù)和待查序列都翻譯成蛋白序列，然后
對(duì)蛋白序列進(jìn)行比對(duì)
? ? ? ?blast 的運(yùn)行分為兩個(gè)步驟：第一，建立目標(biāo)序列的數(shù)據(jù)庫(kù)；第二，做blast 比對(duì)。
1．運(yùn)行建庫(kù)程序formatdb(核酸數(shù)據(jù)庫(kù)為nucl，蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)為prot)：

makeblastdb -in E8_G9_L008_R2.fa -dbtype nucl -title E8_G9_L008_R2 -parse_seqids -out E8_G9_L008_R2_db

? ? ? ?如果建立的是核酸庫(kù)，輸出為db.seq.nhr、db.seq.nin、db.seq.nsp、db.seq.nog、db.seq.nsd、db.seq.nsi。
2、運(yùn)行比對(duì)程序

blastn -query complement_E8_G9_L007_R1.fa -db E8_G9_L007_R2_db -out E8_G9_L007.out -outfmt 7 -evalue 1e-10 -task blastn