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1. 測序深度需要達到多少？

當測序深度為6×時，對目標區(qū)域的覆蓋度可達90%，深度為20×時，reads對外顯子區(qū)域的覆蓋已接近飽和。此時再提高測序深度，對覆蓋度的貢獻極小，但是能夠增加檢測SNPs準確性和發(fā)現(xiàn)潛在稀有致病變異位點。所以可根據(jù)實驗的目標和經(jīng)費選擇合適的測序深度。

2. 能否只對基因組上某段特定區(qū)域進行測序呢？

可制定感興趣基因組區(qū)域的探針，富集目標基因區(qū)域的DNA后再利用新一代測序技術(shù)平臺測序。

3. 與全基因組測序相比，外顯子測序有哪些優(yōu)勢和不足？

與全基因組測序相比，外顯子測序具有測序覆蓋度更深、數(shù)據(jù)準確性更高、花費成本更低等優(yōu)勢。結(jié)合公共數(shù)據(jù)庫提供的大量外顯子的數(shù)據(jù)，測序數(shù)據(jù)能更好的解釋研究的結(jié)果。其不足之處是只能獲得外顯子區(qū)域內(nèi)部或邊界的變異信息，不能檢測到基因組內(nèi)較大的結(jié)構(gòu)性變異。

4. 與轉(zhuǎn)錄組測序相比，外顯子測序有什么不同？

外顯子測序和轉(zhuǎn)錄組測序都是針對基因組上的轉(zhuǎn)錄區(qū)域進行測序，但是前者只能對已知基因組序列信息的物種進行測序，而后者卻不限于此。因此，兩者在分析上也存在一定的差異：① 分析的目標區(qū)域有所不同。外顯子測序只能分析基因組上的已知編碼區(qū)，而轉(zhuǎn)錄組測序不僅能對已知編碼區(qū)進行分析，也能檢測Non coding RNA 等轉(zhuǎn)錄組信息。② 分析的手段有所不同。外顯子測序只需將測序數(shù)據(jù)比對到基因組上，分析序列的差異，而轉(zhuǎn)錄組測序既可以進行mapping，也可以進行從頭拼接。③ 獲得的結(jié)果有所不同。外顯子測序通過比對，可以獲得已知序列的變異信息，而轉(zhuǎn)錄組測序不僅能夠獲得變異信息，還能進行新的轉(zhuǎn)錄本的檢測、mRNA的可變剪接檢測、表達譜分析等。

5. 目標區(qū)域捕獲測序能否進行基因分型分析？

基因分型（Genotyping）是利用生物學檢測方法對個體基因型進行測定的技術(shù)。以往常用的方法包括：PCR擴增、DNA測序、探針法、核酸雜交、基因芯片技術(shù)等。目標區(qū)域捕獲測序憑借高數(shù)據(jù)通量，多樣本平行測序等特點，能夠為基因分型提供一個更加快捷的檢測手段。首先在每個樣品序列中加入一個標簽（Barcode）以區(qū)分不同的樣品，然后進行目標區(qū)域捕獲測序。在生物信息分析中，根據(jù)Barcode信息將測序數(shù)據(jù)回歸每個樣品后，從序列中去除該信息，然后對樣品進行比對分析，檢測基因分型。與以往的方法相比，采用高通量測序技術(shù)進行基因分析，成本要低得多。