biomod2介紹與正確安裝

biomod2-package: Species Distribution Modeling within an Ensemble Forecasting

biomod2提供了運行多達10種物種分布模擬模型,以模擬特定物種與其環(huán)境之間的關(guān)系,試圖利用環(huán)境變量(溫度、降水......)來定義一個特定物種的生態(tài)位。例如,在氣候和土地利用變化的情況下進行未來預(yù)測的潛在用途。盡管它主要是為旨在預(yù)測物種分布的生態(tài)學(xué)家開發(fā)的,但biomod2也可用于模擬任何二項式數(shù)據(jù)(例如,基因、標(biāo)記、生態(tài)系統(tǒng)......)與任何解釋變量的關(guān)系。


biomod2在CRAN庫中位置:https://cran.r-project.org/web/packages/biomod2/index.html?

安裝指南:biomod2 manual (CRAN鏈接中下載)

biomod2的最新版本發(fā)布在github中:https://github.com/biomodhub/biomod2?

(一)一般安裝方法(不推薦)

1. 安裝穩(wěn)定版 stable version?(from?cran)

命令: install.packages("biomod2", dependencies = TRUE)

(二)正確安裝姿勢:

1. 安裝biomod2需要從從devtools::install_github('biomodhub/biomod2')安裝(最新版,安裝時需要有devtools包,臨時調(diào)用devtools包)

安裝devel version?(from?biomodhub)

命令:devtools::install_github("biomodhub/biomod2", dependencies = TRUE)

2. 安裝目錄不能有空格!(以免后續(xù)出麻煩)

3. 確保Maxent軟件能夠正常使用?。ㄐ枰O(shè)置Maxent的jar文件到系統(tǒng)環(huán)境變量PATH)

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