這是發(fā)表的第一篇翻譯，嘗試的第二篇。速度很慢，兩天總共花了將近三個小時。語言上也有很多不成熟的地方，肯定也有很多錯誤，但，這僅僅是一個開始。
這個計算機(jī)蠕蟲，如果能夠很好的實現(xiàn)并且完善，那么對于生物以及醫(yī)療研究會是一個很大的福音。
譯于
一個以建立世界上第一個模擬有機(jī)體為目標(biāo)的眾籌項目
科學(xué)家會告訴你，在他們參加的會議上，絕大部分的工作，并非是在講廳而是在外面的咖啡機(jī)周圍被完成的（更不必說會議結(jié)束后那些代表們要去的酒吧）。那里是交流想法，交換電話號碼以及合作開始的地方。
互聯(lián)網(wǎng)被廉價出售的福利之一就是它具有像一個永恒旋轉(zhuǎn)的全球咖啡時間的功能。一個很好的例子就是“開源蠕蟲”，一個來自美國，巴西，俄羅斯以及世界其他地方的生物學(xué)家和計算機(jī)科學(xué)家通力合作的結(jié)果。5月19日，這個團(tuán)隊在一個叫做Kickstarter的眾籌網(wǎng)站上籌集了121,076美元的資金。這些錢將被用于開發(fā)全世界第一個精細(xì)復(fù)雜的虛擬生命形態(tài)——一個新桿狀線蟲的精確開源的數(shù)字克隆體，這個新桿狀線蟲是一種生活在溫帶地區(qū)土壤中1毫米長的線蟲。
新桿狀線蟲是一個科學(xué)的忠實擁護(hù)者。它簡單，透明，易于飼養(yǎng)和繁殖。因此，它是生物學(xué)上最容易被理解的一個生物體。雌雄同體的個體（他們大多數(shù)都是）有959個細(xì)胞，其中302個是神經(jīng)元。這些細(xì)胞中每一個的位置和功能都是已知的。由于開始于二十世紀(jì)七十年代的工作，科學(xué)家們甚至有一個神經(jīng)元如何相互連接形成蠕蟲的神經(jīng)系統(tǒng)的示意圖——叫做連接體。盡管經(jīng)過了40年科技的進(jìn)步，新桿狀線蟲仍然是唯一一個能夠得到這種示意圖的動物。
正是像這樣詳細(xì)的信息使“開源蠕蟲”成為了可能。建立一個模型有兩種方法：自上而下，以及由下往上。自上而下的方法更容易一些。不用當(dāng)心用于建模的東西是如何工作的，你只需要找到復(fù)制它的習(xí)性的方程式；經(jīng)濟(jì)模型經(jīng)常是以這種方式工作的。它是有可能的，例如，用高中數(shù)學(xué)知識就能模擬新桿狀線蟲的蛇形運(yùn)動，但那樣不會很有啟發(fā)性。
因此“開源蠕蟲”在其他方向繼續(xù)進(jìn)行。史蒂芬?拉森，一位神經(jīng)計算機(jī)科學(xué)家，項目的協(xié)調(diào)人，他說，想法是模擬蠕蟲每一個細(xì)胞的生化行為，以及他們之間如何相互作用。如果那可以被完成，那么運(yùn)動以及所謂野獸的行為模式就能由大量的相互作用而獨立實現(xiàn)。
建立這樣一個完整的電子有機(jī)體，并且目標(biāo)在于在功能上同它的肉體副本沒有區(qū)別，會是一個很了不起的成就。也會很有用。例如，人腦與蠕蟲的微神經(jīng)系統(tǒng)的區(qū)別僅僅在于神經(jīng)元的數(shù)量和互聯(lián)性。但是，盡管這些年在這個難題上已經(jīng)投入了大量的現(xiàn)金和汗水，仍然沒有人真正弄明白大腦是如何工作的。擁有一個詳盡可查的簡單的神經(jīng)系統(tǒng)模型會是很好的第一步。而新桿狀線蟲已經(jīng)在實驗室里被用于探討從基本的生化到藥物活動各方面的問題。能夠以電子的方式進(jìn)行那些試驗，而不需要真實的蠕蟲，并且有理由確信盡管如此試驗的結(jié)果依然會與真實世界的一致，會是生物和醫(yī)療研究的一大福利。
目前，沒有人清楚一個準(zhǔn)確可靠的仿真是怎么一回事。一個模型的要點在于移除不必要的，凌亂的細(xì)枝末節(jié)，從而保留建模者想要研究的東西的本質(zhì)。但是，甚至對于新桿狀線蟲這樣被研究透徹的有機(jī)體來說，沒有人能夠確定哪些細(xì)節(jié)是至關(guān)重要，而哪些細(xì)節(jié)又是沒有關(guān)聯(lián)的。一個活細(xì)胞是各種酶類，離子通道，信使分子以及電壓信號的復(fù)合體。嘗試如實地模擬一切即使讓一臺超級計算機(jī)來做它也得跪。
此刻，這個團(tuán)隊正在規(guī)劃一個系統(tǒng)，能夠模擬蠕蟲的肌細(xì)胞是如何工作的，神經(jīng)元的行為以及電脈沖是如何從一個神經(jīng)元傳到另一個神經(jīng)元。會有物理算法給蠕蟲一個培養(yǎng)皿的逼真模擬讓他在上面移動。這些算法也會確保當(dāng)蠕蟲收到一個來自虛擬神經(jīng)元的虛擬顛簸的時候，
它的虛擬肌肉可以使身體變形準(zhǔn)確的數(shù)值。
試驗的結(jié)果將會與現(xiàn)實進(jìn)行對比，以一個包括12,000個現(xiàn)實世界中新桿狀線蟲如何表現(xiàn)的視頻的數(shù)據(jù)庫的形式。電子蠕蟲可以準(zhǔn)確地再現(xiàn)越多的行為，將會越好。馬泰奧?肯特萊利，項目的另一個創(chuàng)始人，他說系統(tǒng)被設(shè)計成靈活并且易于微調(diào)是至關(guān)重要的。這使團(tuán)隊正在飛速地完善它，從微妙的變化到那里已經(jīng)有什么，或者添加一大塊全新的代碼。例如，蛋白質(zhì)可以通過蠕蟲擴(kuò)散，并且在這個過程中改變它的行為的方方面面。“開源蠕蟲”目前還不能模擬那個，但是團(tuán)隊已經(jīng)有這么做的計劃了。這個靈活性也使研究者可以隨著科學(xué)的進(jìn)步修改他們的模型。5月19日，一個來自MIT和維也納大學(xué)的小組在《自然方法》雜志上發(fā)布了一個可以實時掃描新桿狀線蟲的神經(jīng)系統(tǒng)的方法。這增加了至關(guān)重要的數(shù)據(jù)。如果一個神經(jīng)連接體就像一張公路圖，那么能夠觀察它的神經(jīng)元激發(fā)，就像通過衛(wèi)星視頻觀察交通是如何沿著地圖上的公路流動一樣：那是很忙碌的，很少有重復(fù)的?！遍_源蠕蟲”團(tuán)隊已經(jīng)敏銳地將這些數(shù)據(jù)整合到了自己的模型中。
顧名思義，“開源蠕蟲”是開源的，每個人都可以玩。而他們在Kickstarter上的成功也許能夠幫助從別處他們籌集資金?！拔覀円呀?jīng)考慮申請傳統(tǒng)專利，”拉森博士說“這個眾籌的成功表面有公共利益在里面，這應(yīng)該幫助了我們?！比绻退暮献髡叱晒崿F(xiàn)了他們的抱負(fù)，那么也許有一天做生物實驗會變成一件簡單的事情，下載一些動物到你的電腦上，然后就可以開始了。
