ftp路徑：ftp://ftp.broadinstitute.org/bundle/
用戶名：gsapubftp-anonymous
密碼：為空

目錄清單如下圖：

image.png

在教程1：http://www.360doc.com/content/22/0609/14/79853805_1035305810.shtml

在使用 gatk FilterVariantTranches 命令過濾時使用的dbsnp_138.hg19.vcf.gz 和1000G_phase1.indels.hg19.sites.vcf.gz都在這里的hg19里面。

image.png

這里的hg18/hg19/hg38，大家可自行查詢相關(guān)版本信息。

    gatk FilterVariantTranches -V  $vcf_annot \
          --resource dbsnp_138.hg19.vcf.gz \
          --resource 1000G_phase1.indels.hg19.sites.vcf.gz \
          --info-key CNN_1D  \
          --snp-tranche 99.9   --snp-tranche 99.0  --snp-tranche 95.0  \
          --indel-tranche 99.9   --indel-tranche 99.0  --indel-tranche 95.0  \
          -O filtered.vcf

在Linux環(huán)境下斷點(diǎn)續(xù)傳下載目錄：
nohup wget -c -r ftp://gsapubftp-anonymous@ftp.broadinstitute.org/bundle/
如果只下載hg19，那么就調(diào)整為
nohup wget -c -r ftp://gsapubftp-anonymous@ftp.broadinstitute.org/bundle/hg19