線下課程回顧
1. 生物信息概述
1.1 生物信息所需技能
1.2 入門(mén)生物信息的方法
2. 數(shù)據(jù)如何產(chǎn)生
2.1常見(jiàn)測(cè)序平臺(tái)和測(cè)序類型
- 測(cè)什么決定怎么測(cè)
- 干什么決定測(cè)多深
2.2. 測(cè)序基本原理
- single end
- pair end
- mate pair
- 鏈特異性測(cè)序
2.3 實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)
3. 數(shù)據(jù)如何處理
3.1 數(shù)據(jù)預(yù)處理
- 原始數(shù)據(jù)誤差的來(lái)源
- 質(zhì)量控制FastQC結(jié)果解讀
- 數(shù)據(jù)過(guò)濾 Trimmomatic 原理和使用方法
3.2 有參轉(zhuǎn)錄組序列比對(duì)
- 不同比對(duì)軟件的比較
- 常用的序列比對(duì)算法
- 基因組
- STAR
- hisat2
- 轉(zhuǎn)錄本：RSEM
- 實(shí)例結(jié)果解讀
- 序列比對(duì)常見(jiàn)問(wèn)題
3.3 無(wú)參轉(zhuǎn)錄組
- 轉(zhuǎn)錄本從頭拼接原理
- 拼接方法 Trinity
3.4 表達(dá)定量
- RNA-seq 常用統(tǒng)計(jì)定量單位
- 基因組比對(duì)：Htseq-Count, FeatureCount
- 轉(zhuǎn)錄本比對(duì)：RSEM
- 無(wú)比對(duì)快速定量：kallisto
4. 數(shù)據(jù)如何分析
4.1 數(shù)據(jù)分析的思路
4.2 差異表達(dá)
- Deseq 標(biāo)準(zhǔn)化原理
- 結(jié)果解讀
4.3 富集分析
- GO常用網(wǎng)站和工具
- 通路富集分析
4.4 數(shù)據(jù)可視化展示
- IGV（本地機(jī)）
- 基因?yàn)g覽器（網(wǎng)上）
