靈活指定R包的安裝及加載路徑

在我們進(jìn)行生物信息分析的過(guò)程中,有些包必須依賴舊版本的R,有些則必須在新版本的R下才能運(yùn)行。然而一個(gè)服務(wù)器上R的快捷方式只能對(duì)應(yīng)單一版本的R,修改R快捷命令對(duì)應(yīng)的版本則需root權(quán)限進(jìn)行操作。每次運(yùn)行前手動(dòng)查詢想調(diào)用版本的R的絕對(duì)路徑再指定庫(kù)路徑過(guò)于麻煩,普通用戶如果想實(shí)現(xiàn)絲滑無(wú)痛的R版本轉(zhuǎn)換,只要提前寫好配置文件,然后一條命令就可以搞定啦!

以c03服務(wù)器為例,首先我們查詢一下服務(wù)器上現(xiàn)在有的R版本:


直接調(diào)用R的話,會(huì)發(fā)現(xiàn)默認(rèn)R版本為3.6.0


為了實(shí)現(xiàn)一鍵調(diào)用3.6.1的R,我們首先在自己的用戶主目錄下創(chuàng)建一個(gè)目錄,用來(lái)儲(chǔ)存我們未來(lái)會(huì)安裝在3.6.1下的R包(已有庫(kù)目錄請(qǐng)忽略):

mkdir ~/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.6.1/

然后打開(kāi)vi,將以下命令寫入文件(此處將文件命名為R361):

export R_LIBS_USER="~/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.6.1"

/usr/lib64/R-3.6.1/bin/R

保存退出后,對(duì)R361執(zhí)行權(quán)限操作,給予可執(zhí)行權(quán)限:

chmod a+x R361

此時(shí)直接運(yùn)行新鮮出爐的魔法腳本(不是),一鍵切入R3.6.1版本~


需要大家注意的,這個(gè)辦法不會(huì)對(duì)當(dāng)前默認(rèn)的R版本產(chǎn)生任何影響,所以每次切換R版本之前都需要運(yùn)行一遍該腳本,每次切換R版本之前都需要運(yùn)行一遍該腳本,每次切換R版本之前都需要運(yùn)行一遍該腳本~~~~~~~退出R環(huán)境前也一定要注意及時(shí)保存,退出R環(huán)境前也一定要注意及時(shí)保存,退出R環(huán)境前也一定要注意及時(shí)保存~~~~~~~~(重要的事情一定要說(shuō)三遍?。?/p>

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