按照官方的文檔安裝Monocle3，及其相依關(guān)系，結(jié)果屢屢失敗。
https://cole-trapnell-lab.github.io/monocle3/monocle3_docs/#constructing-single-cell-trajectories
這些相依關(guān)系的安裝沒有問題。Optional安裝一個(gè)Python包，louvain，但是因?yàn)閍naconda總是連不上，按照網(wǎng)上的帖子改鏡像，改default，都試過了還是不行，崩潰。我已經(jīng)放棄這個(gè)操作了，反正也寫了是optional的，用到的時(shí)候再說。
繼續(xù)安裝monocle3失敗報(bào)錯(cuò)：?devtools::install_github('cole-trapnell-lab/monocle3')
看樣子是cluster_cells.R出了問題，然而并不知道這種問題怎么解決，google也沒搜到，到github上搜到一個(gè)issue
https://github.com/cole-trapnell-lab/monocle-release/issues/351?那就學(xué)著人家那樣，把源碼clone下來，然后試試看修改一下。
安裝Github桌面版，然后Clone到自己的一個(gè)文件夾后，沒有改源碼，而且不知道怎么手動(dòng)安裝R包，手動(dòng)安裝的R包不是應(yīng)該是壓縮格式嗎？這個(gè)解壓后的文件夾難道要重新壓縮一下嗎。網(wǎng)上大神就是多，隨便一搜就查到了解決方法https://blog.csdn.net/Allen_jinjie/article/details/79805339
install.packages("PATH/monocle3",repos=NULL,type="source")
雖然還是有一些error，但是好像library沒有問題。cluster_cell這個(gè)函數(shù)貌似也可以正常使用。
困擾了好久的問題，終于解決了。不知道為什么monocle2那么好裝，monocle3就這么費(fèi)勁。
