trf預(yù)測(cè)異常

官網(wǎng)：https://github.com/Benson-Genomics-Lab/TRF
異常：trf卡著沒有結(jié)果，版本v4.0.9，2020年發(fā)布，查看發(fā)現(xiàn)存在一條100多Mb的contig，所以卡著一直沒有輸出
 /share/nas2/genome/biosoft/trf/409/trf  final.BV890.asm.bp.p_ctg.fa.029   2 7 7 80 10 50 500 -l 10 -d -h
解決方法：按照以往的解決異常的思路，嘗試更新到最新版v4.10.0. github 釋放的還沒到4.10.0，但是這樣下載時(shí)最新版，有點(diǎn)奇怪。
wget https://github.com/Benson-Genomics-Lab/TRF/archive/master.zip

wget  https://hub.yzuu.cf/Benson-Genomics-Lab/TRF/archive/master.zip #如果失敗嘗試這個(gè)

unzip master.zip  && mv TRF-master trf-4.10  && cd trf-4.10

./configure --prefix=/share/nas1/pengzw/software/trf-4.10

make;make install

/share/nas1/pengzw/software/trf-4.10/bin/trf -v

Tandem Repeats Finder, Version 4.10.0
Copyright (C) Dr. Gary Benson 1999-2012. All rights reserved.
結(jié)果：更新軟件版本后，順利出結(jié)果，應(yīng)該是軟件的bug導(dǎo)致，建議分析時(shí)盡可能更新到較為新的版本。
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