寫在前面
大量物種的基因組被報道，越來越多的公開可獲取數(shù)據(jù)，使得我們可以針對自己的生物學問題，開展基本的比較基因組分析。
鑒于此，有必要搞一個工作臺式的功能。
于是，我在飛機上寫了一個簡單的玩具（換句話說，黑油）。
Comparative Genome Suite，簡稱 CGsuite。
CGsuite
盡管有一個不錯的名字，不過仍然是 TBtools 的插件... 這個插件最大的好處就是.... 數(shù)據(jù)只需要導入一次，后續(xù)分析（關(guān)了 TBtools 再重開）無需再導入，總之就是好用。
要用插件，第一步是安裝插件，與前述兩個插件類似，這個插件仍然為 .zip 包。
安裝插件....
查看插件
導入基因組數(shù)據(jù)
CGsuite 的使用相較于以往 TBtools 所有功能不同。分為兩步，第一步是導入基因組。（一次導入，終生可用....）
點擊 Import Species 即可調(diào)出菜單
按照要求設(shè)置輸入即可，我準備了三個物種的數(shù)據(jù)
導入水稻
點擊 Done 之后等待運行結(jié)束即可。
另外兩個物種，相同的操作導入即可
于是搞定
開始分析
CGsuite 進行分析，相對自由。直接雙擊左側(cè)的物種（或者可以直接自己在右側(cè)輸入一些物種拉丁學名，只要他們在左側(cè)存在），即可設(shè)置待分析物種，比如，看看 水稻和擬南芥的共線性情況
隨后點擊 Visulize，等待 20s?或者兩三分鐘吧，具體看電腦，尤其是硬盤?？傊芸鞎吹?/p>
同理，可以看看 菠蘿和擬南芥的共線性情況
等上一會，又可以看到
也可以一次性設(shè)置....幾十上百個物種，這里就用著三個吧
于是可以得到（注意，只要是分析過的共線性結(jié)果，目前的版本會重新讀取已有結(jié)果 - 換句話說，結(jié)果已經(jīng)被保存在某個位置....后續(xù)會開放數(shù)據(jù)庫路徑自定義）
圖片略丑，但這也是有原因的：
- 可以先過濾掉菠蘿基因組中的碎片，scaffole等，去掉擬南芥和水稻的質(zhì)體基因組
- 最好還是按照物種演化上親緣關(guān)系擺放顯得有趣些，本文主要是為了快
當然，這個功能是也是支持高亮基因的....比如....有些人習慣高亮某個家族，看看這個家族在不同物種共線性區(qū)塊上的變化（復制？丟失？）
寫在最后
Emmm，暫時只是第一步。該睡覺了。
CGsuite 估計會是一個大工程。覺得有用的，趕緊打賞，不然就....還是繼續(xù)眾籌開發(fā)？
洗洗睡了
