視頻地址為： https://www.bilibili.com/video/av62588575/

這是我在嗶哩嗶哩上課程的文字稿版本。我有點完美主義的傾向，所以為了避免自己因為覺得自己某個部分的說話不利索，不清楚，所以總是會寫稿子。

素材庫

這次課程的主題是生信入門必須學習的幾個Linux操作。

為什么要學習Linux

如果你要學習生物信息學，那么你一定要學會使用Linux。這是因為，絕大部分的生信軟件都需要運行在Linux平臺，并且有些時候，你會要用到服務器去處理大量的數(shù)據(jù)，而這些服務器幾乎都是Linux環(huán)境。

當然，你可以說，我可以用云平臺呀，畢竟現(xiàn)在很多公司都開發(fā)了云平臺，我們拖拖拽拽就可以搞分析了呀。是的，現(xiàn)在的云平臺也來越成熟，使用體驗也很棒，我也很喜歡。不過我還是建議大家學Linux，因為當你學會Linux之后，你會變得更加自由，不再受限于別人的平臺，而且能讓日常工作變得高效起來。

如何學習Linux

那么如何學習呢？通常你問別人如何學Linux的時候，對方十有八九會給你推薦鳥哥的書，這沒啥毛病，因為我也是靠鳥哥的書入門的，那本書已經(jīng)被我翻成了這副模樣。

學習沒有捷徑，但是可以少走幾步路。我們不需要精通Linux，成為Linux大牛，靠Linux吃飯，我們只需要掌握一些基本操作，搞得定日常基本操作就行。就像絕大部分人用Windows的時候，也不知道如何配置Windows里的環(huán)境變量，但是一點不妨礙基本使用呀。

通過我對自己平時操作的總結(jié)，我認為學Linux起碼要掌握下面這三方面內(nèi)容。

• 操作遷移，就是把Windows上的常見操作都在Linux里找到對應的操作
• TAB補全，不但可以讓你的操作更快，而且還能讓你避免大部分的報錯
• 環(huán)境變量，學習Linux一定要理解環(huán)境變量，否則你就裝不好軟件。

不過，最重要的是，你得先有一個Linux環(huán)境。我在嗶哩嗶哩上錄制了兩個視頻，教大家如何在Windows平臺上配置你的Linux環(huán)境，如何在Mac上配置Linux環(huán)境。

先看Vim視頻:

• https://www.bilibili.com/video/av58673256
  再配置Linux環(huán)境：

• Windows10/Linux: https://www.bilibili.com/video/av58541835

• MacOS: https://www.bilibili.com/video/av58541835

本次視頻的操作雖然是在mac上錄制，但是適用于大部分的Linux環(huán)境，包括Ubuntu和CentOS，如果有什么問題，歡迎在留言區(qū)提問交流。

TAB補全

在演示Linux操作之前，我一定要先強調(diào)下tab補全的重要性，它是我認為最重要的一個操作。

初學者在學習Linux的時候，最常見的狀態(tài)就是，按照教程內(nèi)容，一個一個字符的敲。由于剛學習，敲代碼還不熟練，因此，十有八九會出現(xiàn)敲錯的情況，那么結(jié)果就是代碼運行失敗。運行失敗怎么辦？可能也不會去看報錯，然后檢查自己的輸入，估計就是截圖或者拍照發(fā)到群里提問了。

因此，在正式開始敲代碼之前，大家先在鍵盤上找到tab，多敲幾次，感受到它的存在。

后面，我還會不斷強調(diào)它，直到它刻在你的腦子里。

操作遷移

接下來，我們來講講這次課程的主要內(nèi)容，操作遷移。

我們在Windows上最常做的操作是什么呢？我覺得，最常見的操作應該是下面這些吧

• 瀏覽目錄
• 切換目錄
• 新建文件夾/刪除文件夾
• 新建文件/刪除文件
• 查看文本
• 了解資源使用情況
• 數(shù)據(jù)下載
• 安裝軟件

那么這些操作在Linux里的對應命令是什么呢？我們先瀏覽一下命令，然后通過一個模擬的項目來一個個了解他們。

• 瀏覽目錄: ls
• 切換目錄: cd, pwd
• 新建文件夾/刪除文件夾: mkdir / rmdir / rm -r
• 新建文件/刪除文件: vim / rm
• 查看文本: less, head, tail, cat
• 了解資源使用情況: top
• 數(shù)據(jù)下載: wget / curl
• 安裝軟件: apt-get/yum/conda

那么這些命令應該怎么用呢？其實很簡單，就是輸入命令名，后面的參數(shù)，看情況加。強調(diào)一點，如果要用到參數(shù)，那么命令名和參數(shù)之間是需要空格分隔的。

我們以一個項目為例，去學習使用最常見的Linux命令。這個任務內(nèi)容如下

1, 在家目錄下創(chuàng)建文件夾，名為 abc

2, 將abc重命名為 study

3, 下載擬南芥的注釋GFF文件， 解壓縮

4, 使用less查看文件內(nèi)容

5, 刪除gff 文件

6, 刪除 study文件夾

具體操作閱讀原文看我的視頻。大約在5分20秒處

環(huán)境變量

環(huán)境變量也是Linux學習中非常重要的知識點，不了解他甚至都不能用好軟件。

不過環(huán)境變量屬于哪種你不知道，你覺得很高級，一旦知道后，卻發(fā)現(xiàn)很簡單的存在。其實我們從小學或者初中開始就通過數(shù)學了解到它。比如說x + 3 =5， x+ 4=5，其中的x就是變量，就是會變的量。

在計算機里，它就用來存儲其他的值一個名字，相當于一個中介。

變量有可以分為環(huán)境變量和局部變量，環(huán)境變量就是比局部變量作用更廣泛的一個變量。舉個例子，當我說到愛因斯坦這個名字時，這會讓你想到的是一個物理學家，但是如果你家里有一只貓，它也叫愛因斯坦，他就是一個局部變量。局部變量可以覆蓋環(huán)境變量。

接下來我們將會通過一個例子，通過PATH這個環(huán)境變量來理解。

• 查看環(huán)境變量PATH
• 新建一個目錄存放軟件
• 將目錄加入環(huán)境變量PATH
• 下載軟件
• 給軟件添加執(zhí)行權限
• 測試軟件

具體操作閱讀原文看我的視頻。在15分鐘的時候。

對于入門而言，知道的越少越好，因為細節(jié)無窮無盡。你先要上手，會敲命令了。那么后期繼續(xù)深入反而就只是時間問題了。

之后，我會更新一系列入門提高的視頻，介紹Linux的各種細節(jié)，比如說，

• 括號的用法
• 變量操作
• shell腳本
• ...

視頻我傳到了嗶哩嗶哩，假如你不喜歡嗶哩嗶哩，想要下載我的2880 x 1800（大約3G）的視頻，相信我，你嗶哩嗶哩已經(jīng)夠高清了，你真的不需要20分鐘3G的視頻。

在「生信基礎課」初學者入門LINUX最少必要的知識點里的末尾就是地址，你也可以選擇購買本文。