LnCeCell (http://www.bio-bigdata.net/LnCeCell/ or http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/LnCeCell/)
本內(nèi)容為【科研私家菜】生信數(shù)據(jù)庫系列課程
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今天R小鹽介紹的數(shù)據(jù)庫是LnCeCell
01 LnCeCell數(shù)據(jù)庫
LnCeCell數(shù)據(jù)庫是哈爾濱醫(yī)科大學(xué)李霞教授團(tuán)隊(duì)開發(fā)，重點(diǎn)關(guān)注單細(xì)胞lncRNA和ceRNA分析。
LnCeCell數(shù)據(jù)庫一共涵蓋了94555個(gè)細(xì)胞，9036個(gè)生物標(biāo)志物，93307個(gè)ceRNA。
LnCeCell對(duì)25種癌癥的數(shù)千種細(xì)胞的細(xì)胞特異性ceRNA調(diào)控的整理，包含：
超過9000個(gè)實(shí)驗(yàn)支持的腫瘤轉(zhuǎn)移、復(fù)發(fā)、預(yù)后、循環(huán)和耐藥性的lncRNA生物標(biāo)志物；原發(fā)性、惡性和轉(zhuǎn)移性癌細(xì)胞和免疫細(xì)胞的細(xì)胞特異性ceRNA網(wǎng)絡(luò)；從文獻(xiàn)和相關(guān)數(shù)據(jù)源手工輸入的ceRNA亞細(xì)胞位置的詳細(xì)信息；表現(xiàn)出血管生成、凋亡、細(xì)胞周期、侵襲、增殖和干性等不同行為的不同細(xì)胞群集群。
LnCeCell數(shù)據(jù)庫提供超便捷、超顏值的搜索和瀏覽界面和一系列靈活的工具，方便數(shù)據(jù)的檢索和分析，包含：在不同細(xì)胞群中發(fā)現(xiàn)的ceRNAs的全局圖、ceRNAs的亞細(xì)胞位置、可視化單個(gè)細(xì)胞中失調(diào)的ceRNA網(wǎng)絡(luò)、查看每個(gè)細(xì)胞的功能狀態(tài)、識(shí)別ceRNA的失調(diào)功能、識(shí)別ceRNA的癌癥Hallmark、進(jìn)行Cox回歸分析、繪制ceRNAs的生存曲線。
該數(shù)據(jù)庫提供的7個(gè)用于分析的工具。包括Cell MAP，Cell Location，Cell Network，Cell State，CeRNA-Function，CeRNA-Hallmark，CeRNA-Survial。
02 LnCeCell
LnCeCell數(shù)據(jù)庫發(fā)表在核酸研究上。
李霞教授團(tuán)隊(duì)開發(fā)了很多生信分析的數(shù)據(jù)庫，比如CellMarker、CancerSEA、Lnc2meth、lincSNP3.0、MSDD、lnc2Cancer2.0、miRSponge、LnCeVar、LncACTdb等知名的數(shù)據(jù)庫
數(shù)據(jù)庫引用：
[圖片上傳失敗...(image-aa4151-1648612177404)]](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33219686/)
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