• 壓縮fa或者fq成gtz格式

gtz ${fa} 

• 壓縮sam

samtools sort -@ 4 -O BAM -o ${input%sam}sorted.bam ${input}

• 壓縮vcf

bgzip ${vcf} && tabix -p vcf ${vcf}.gz

• 壓縮其他文件

gzip *table #some file

• 刪除含有大量小文件的文件夾

#建立一個空文件夾
mkdir -p ~/.clean
#刪除大文件夾
rsync --delete-before -d -a -H -v --progress --stats ~/.clean/ ${dir}

• 對于完成的、不常用的項目，整體打包

tar -zcvf ${dir}.tar.gz ${dir}

• 刪除臨時文件，例如：

1. rsem, star, GATK等生成的臨時文件
2. 自己生成的臨時文件