R的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)
- R的賦值符號是<- ，快捷鍵為：alt+減號
- 在Console 控制臺（左下方區(qū)域）輸入命令，相當(dāng)于Linux的命令行
- 顯示工作路徑 getwd()，設(shè)置工作路徑setwd()
- 向量是由元素組成的，元素可以是數(shù)字或者字符串
- 表格在R語言中改名叫數(shù)據(jù)框
- R的代碼都是帶括號的，括號必須是英文的
- 函數(shù)或者命令不會用時，用命令：？xx函數(shù)，看example解釋
- 數(shù)據(jù)類型5種
-向量（vector）??重要
-矩陣（Matrix）
-數(shù)組（Array）
-數(shù)據(jù)框（Data frame）??重要
-List
一、向量
元素：數(shù)字或者字符串（用chr表示）等，分為標(biāo)量和向量
標(biāo)量：一個元素組成的變量
向量：多個元素組成的變量
- 如何給向量賦值：
x<- c(1,2,3) #常用的向量寫法，意為將x定義為由元素1，2，3組成的向量。
x<- 1:10 #從1-10之間所有的整數(shù)
x<- seq(1,10,by = 0.5) #1-10之間每隔0.5取一個數(shù)（注意是逗號不是分號）
x<- rep(1:3,times=2) #1-3 重復(fù)2次
- 從向量中提取元素（根據(jù)元素位置）
#這里的x是你剛才賦值的變量名，根據(jù)自己的情況來修改
x[4] #x第4個元素
x[-4]#排除法，除了第4個元素之外剩余的元素
x[2:4]#第2到4個元素
x[-(2:4)]#除了第2-4個元素
x[c(1,5)] #第1個和第5個元素
- 從向量中提取元素（根據(jù)值）
x[x==10]#等于10的元素
x[x<0]
x[x %in% c(1,2,5)]#存在于向量c（1，2，5）中的元素
二、數(shù)據(jù)框
- 讀取本地數(shù)據(jù)
setwd("~/Desktop/Bioinformatics")
read.table(file = "huahua.txt",sep = "\t",header = T)
a <- read.table(file = "huahua.txt",sep = "\t",header = T)
- 設(shè)置行名和列名
x<-read.csv('doudou.txt') #在示例數(shù)據(jù)里有doudou.txt 注意這里的變量x是一個數(shù)據(jù)框
colnames(x) #查看列名
rownames(x) #查看行名,默認(rèn)值的行名就是行號，1.2.3.4...
colnames(x)[1]<-"bioplanet"#有的公式返回數(shù)據(jù)，左上角第一格為空，R會自動補(bǔ)為x,用這個命令來修改
x<-read.csv(file = "huahua.txt",sep = " ",header =T,row.names=1)#最后row.names的意思是修改第一列為行名
- 數(shù)據(jù)框的導(dǎo)出
write.table(x,file = "yu.txt",sep = ",",quote=F)#分隔符改為逗號，字符串不加雙引號（默認(rèn)格式帶由雙引號）
- 變量的保存與重新加載
#這次沒有處理完的數(shù)據(jù)下次想接著用，學(xué)會保存和重新加載。保存的格式是RData。
save.image(file="bioinfoplanet.RData")#保存當(dāng)前所有變量
save(x,file="test.RData")#保存其中一個變量
load("test.RData")#再次使用RData時的加載命令
- 提取元素
a[x,y]#第x行第y列
- a[x,]#第x行
- a[,y]#第y列
- a[y] #也是第y列
- a[a:b]#第a列到第b列
- a[c(a,b)]#第a列和第b列
- a$列名#也可以提取列（優(yōu)秀寫法，而且這個命令還優(yōu)秀到不用寫括號的地步，并且支持Tab自動補(bǔ)全哦，不過只能提取一列）
- 直接使用數(shù)據(jù)框中的變量
iris是R語言的內(nèi)置數(shù)據(jù)，可以直接使用。提取某兩列作散點圖：
plot(iris$Sepal.Length,iris$Sepal.Width)
Rplot iris
Q&A
Q：save(X,file="test.RData")這句代碼如果報錯object X not found，是為什么，應(yīng)該怎么解決？
A：X改為小寫x，注意區(qū)分大小寫、中英文標(biāo)點符號！
