1. 準(zhǔn)備工作：

• 登陸TCGA數(shù)據(jù)庫GDC界面：https://portal.gdc.cancer.gov/
  
  TCGA GDC界面

• 首先確保Cart中沒有之前的文件記錄，如果有其他文件（即文件數(shù)不為0），清空Cart。

  
  
  核對(duì)Cart已清空

• 如果Cart文件數(shù)不為0，則點(diǎn)擊進(jìn)入Cart界面進(jìn)行清空。

  
  
  清空Cart

2. 選擇樣本類型及性質(zhì)：

• 點(diǎn)擊Repository進(jìn)入數(shù)據(jù)倉庫，隨后點(diǎn)擊Cases樣本類型及性質(zhì)的選擇：
  
  點(diǎn)擊Cases

• 首先確定樣本部位，以前列腺癌樣本舉例：

  
  
  選擇樣本部位

• 選擇樣本來源項(xiàng)目，如果只分析TCGA的樣本，則只選擇TCGA：

  
  
  選擇項(xiàng)目來源

• 我們之前的一些選擇，會(huì)不斷縮小樣本范圍，所以我們發(fā)現(xiàn)Project選項(xiàng)下只有一個(gè)TCGA-PRAD，我們可不用點(diǎn)擊，不選擇表示該選項(xiàng)下的內(nèi)容都要。
  Disease Type這里根據(jù)分析需要進(jìn)行選擇，這里我為了統(tǒng)一病理類型，進(jìn)行了選擇。
  Gender無特殊需要可不進(jìn)行選擇。
  Vital Status一般我們需要進(jìn)行生存分析的話，就選擇alive和dead的患者，not reported的患者表示生存資料不全，可以進(jìn)行剔除。
  Age at Diagnosis以及Days to Death根據(jù)自己課題需要進(jìn)行設(shè)定，一般情況下默認(rèn)不設(shè)定篩選條件。

  
  

• Race和Ethnicity一般情況下不設(shè)定篩選條件，并且這里的nor reported的樣本過于多，我們不進(jìn)行篩選了，以免丟失過多樣本數(shù)。

  
  

3. 選擇組學(xué)數(shù)據(jù)類型及格式：

• 點(diǎn)擊Files選擇數(shù)據(jù)類型及格式。
• Data Category這里用最常見的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)舉例，選擇transcriptome profiling.
• Data Type選擇Gene Expression Quantification，代表蛋白編碼基因和長鏈非編碼基因的測(cè)序數(shù)據(jù)。miRNA基因的測(cè)序數(shù)據(jù)不包含在其中，需要選擇miRNA Expression Quantification而不是Gene Expression Quantification。
• Experimental Strategy只有一個(gè)選擇，默認(rèn)不選，Workflow Type根據(jù)自己需求，一般常用的是Counts數(shù)據(jù)或FPKM數(shù)據(jù)。
  *一般選到這里就不再點(diǎn)擊其他篩選條件了，而且一般其他選項(xiàng)也只剩一個(gè)選項(xiàng)了。

• Access表明數(shù)據(jù)權(quán)限，我們普通用戶只能使用open的數(shù)據(jù)，如果出現(xiàn)了非開放的數(shù)據(jù)，記得這里只點(diǎn)擊open。

  
  
  選擇數(shù)據(jù)類型及格式

4. 下載選擇好的數(shù)據(jù)：

• 將選擇好的數(shù)據(jù)加入購物車，隨后點(diǎn)擊Cart進(jìn)入購物車界面。

  
  
  將選擇好的數(shù)據(jù)加入購物車
• 在Cart界面分別點(diǎn)擊Metadata(下載注釋文件)以及Download（下載數(shù)據(jù)）。Download選項(xiàng)提供兩種數(shù)據(jù)下載途徑：Manifest表示下載Manifest文件后使用gdc-client軟件下載數(shù)據(jù)（gdc-client下載數(shù)據(jù)方法），這種方法適合下載大文件；Cart表示通過瀏覽器直接下載，該方法更方便，但是不適合下載很大的文件。
  
• 至此TCGA數(shù)據(jù)下載已完成。