Linux 也是一個操作系統(tǒng)，和我們平常使用的windows、mac那些一樣。 由于大多數(shù)生物信息分析的軟件都是在 Linux 操作系統(tǒng)下運(yùn)行的，所以學(xué)習(xí)生物信息的第一步就是從熟悉的windows等圖形界面的操作系統(tǒng)過渡到熟悉使用Linux的一些基本操作。 此處應(yīng)該注意對于Linux系統(tǒng)，我們需要的是“使用”，而不是“管理”或者“開發(fā)”這些?，F(xiàn)有的網(wǎng)上搜索到的大多數(shù) Linux 教程、書籍都是針對管理員和開發(fā)人員寫的。 對于初學(xué)生信的我們來說過去復(fù)雜，這里整理歸納了一些目前我工作中常用的，在后續(xù)再對里面的命令詳細(xì)闡述。

passwd：修改用戶密碼；

pwd：顯示當(dāng)前所在路徑；

ls：列出當(dāng)前目錄里面的內(nèi)容，可加上 -l -rt -h等參數(shù)，可以明確目錄下都有什么文件，多大，權(quán)限如何等等詳細(xì)的屬性；

cd ：跳至指定目錄，這里常用的cd命令有："cd -" 跳回上一次的目錄，"cd .." 退回上級目錄，“cd ~”跳回家目錄；?

目錄管理相關(guān)命令：

????????????????????????????? mkdir：創(chuàng)建目錄；

???????????????????????????? ?rm：刪除文件或者目錄；

???????????????????????????? ?mv：重命名文件或者目錄；

????????????????????????????? chmod：修改文件或者目錄權(quán)限；

文件查看相關(guān)命令：

????????????????????????????? cat：查看文件，并將內(nèi)容輸出到屏幕，但是對于大文件不適用，會看不清內(nèi)容；

????????????????????????????? tac：和cat相反，是從尾到頭查看文件并輸出；

????????????????????????????? less和more：這兩個是查看大型的文件比較合適的方式；

????????????????????????????? head -n：查看文件前n行；

??????????????????????????????tail -n：查看文件尾n行；

????????????????????????????? ?wc -l：計算文本文件的行數(shù)；

?管道操作； cut；grep； awk； sed； sort；這幾個比較復(fù)雜且重要，后續(xù)再詳細(xì)展開說明用法。