TMHMM是用于識別蛋白跨膜結(jié)構(gòu)區(qū)域的軟件，有在線工具TMHMM 2.0 - DTU Health Tech - Bioinformatic Services
，也可安裝到linux服務(wù)器上。
1.下載安裝
點開在線網(wǎng)站，可找到Downloads模塊，點擊找到linux版本。
填寫相關(guān)信息申請?zhí)峤缓?，郵箱會收到一個有時間限制的下載鏈接，打開鏈接將tmhmm-2.0c.Linux.tar.gz文件下載到服務(wù)器上。
tar -zxvf tmhmm-2.0c.Linux.tar.gz 對其解壓
cd tmhmm-2.0c/
tmhmm -h 查看是否安裝成功。
2.conda 安裝
Tmhmm | Anaconda.org
conda install predector::tmhmm
這里運行完并不算成功安裝，運行tmhmm -h 也會提示未完全安裝。
tmhmm 2.0c has not been installed yet.
Due to license restrictions, this recipe cannot distribute tmhmm directly.
Please download tmhmm-2.0c.Linux.tar.gz from:
https://services.healthtech.dtu.dk/services/TMHMM-2.0/9-Downloads.php#
and run the following command to complete the installation:
$ tmhmm2-register tmhmm-2.0c.Linux.tar.gz
還需要把tmhmm-2.0c.Linux.tar.gz下載下來，運行tmhmm2-register tmhmm-2.0c.Linux.tar.gz 后才算完全安裝。運行完成后會提示：
Unregistering old source files if they exist.
patching file bin/tmhmm
Finished registering tmhmm.
Testing installation...
Test succeeded.
tmhmm is now full installed!
才算安裝成功了。
3.運行使用
tmhmm --short < Trinity.fasta.transdecoder.pep > tmhmm.out
查看結(jié)果：less tmhmm.out
TRINITY_DN0_c0_g1_i1.p1 len=191 ExpAA=42.80 First60=0.02 PredHel=0 Topology=o
TRINITY_DN0_c0_g1_i2.p1 len=191 ExpAA=42.80 First60=0.02 PredHel=0 Topology=o
TRINITY_DN0_c0_g2_i1.p1 len=190 ExpAA=28.76 First60=0.08 PredHel=1 Topology=o163-180i
TRINITY_DN0_c0_g2_i2.p1 len=190 ExpAA=28.76 First60=0.08 PredHel=1 Topology=o163-180i
TRINITY_DN0_c0_g2_i3.p1 len=190 ExpAA=28.76 First60=0.08 PredHel=1 Topology=o163-180i
4.總結(jié)
這個軟件還算好安裝，個人建議用conda來安裝，使用起來也方便，第一種方法安裝，需要注意路徑的問題，檢查bashrc中是否有其路徑，保證軟件正常的運行。
