學(xué)生信的第三天，萌翻今天又來報(bào)道啦！

今天學(xué)了Linux 如何安裝軟件，可能因?yàn)閷W(xué)的還是基礎(chǔ)入門的，目前感覺上手很容易，安裝的過程也很順利。雖然Linux的操作頁面只有代碼，一開始有點(diǎn)不習(xí)慣，但經(jīng)過昨天和今天的操作，已經(jīng)有點(diǎn)迷上了這種告別鼠標(biāo)敲代碼的感覺。

下面還是記下安裝過程中重要的代碼：

Linux安裝軟件之前還需要下載Linux的應(yīng)用商店conda，教程里是讓下載miniconda，我當(dāng)時(shí)不下心下成了conda，不過也沒關(guān)系miniconda是conda的精華版，我后來又下了miniconda，為了和教程一樣，擔(dān)心運(yùn)行出問題好對比出不同，下面的操作是在miniconda下運(yùn)行的。

miniconda安裝成功后需要先激活

source ~/.bashrc
conda

3-1.png

添加鏡像（直接輸入一串代碼，配置鏡像，可加快下載速度）

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

準(zhǔn)備工作 這里以fastqc為例

conda list 查看服務(wù)器所有軟件
conda search fastqc 搜索conda軟件
conda install fastqc=0.11.7 -y 安裝軟件

3-2.png

3-3.png

3-4.png

卸載軟件

conda remove fastqc -y

3-5.png

補(bǔ)充關(guān)于conda 環(huán)境設(shè)置不同的分身，安裝不同的軟件，彼此互不干擾

conda info --envs 查看當(dāng)前conda環(huán)境

3-6.png

這里的 * 是指默認(rèn)

這里舉例建立一個(gè)叫rnaseq的conda環(huán)境，指定python版本為3，安裝軟件fastqc，trimmomatic（這里可以同時(shí)安裝兩個(gè)軟件，同時(shí)完成）

conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

conda activate rna-seq 激活新的conda環(huán)境（默認(rèn)*會轉(zhuǎn)移到rnaseq前面去）
conda deactivate 退出當(dāng)前環(huán)境

今天的學(xué)習(xí)就到這里了，明天再接再厲！