例如有Zeamays B73 V3的vcf想 轉(zhuǎn)為V4版本的vcf,就可以使用liftover進(jìn)行。
如果有Zeamays B73 V4版本的基因，想轉(zhuǎn)為Zemays Mo17 的基因ID.
解決思路有以下幾種方案：
- 直接使用B73的V4的基因的蛋白文件和Mo17的蛋白文件比對(duì)。使用blast或InParanoid 都可以。
- 使用Liftoff進(jìn)行比對(duì)，它是基于Minimap2比對(duì)的。
Liftoff: An accurate GFF3/GTF lift over pipeline
liftoff是一款基于基因組比對(duì)，進(jìn)行基因組編碼基因注釋的工具。通過(guò)提供一個(gè)已知物種的基因組序列和基因組gff3文件，再提供一個(gè)近緣物種的基因組序列，即可預(yù)測(cè)這個(gè)近緣物種的編碼基因。輸出是gff3格式。
這種特別適合沒(méi)有基因組注釋的基因組，通過(guò)與近緣種比對(duì)即可獲得編碼基因信息。
