今天復(fù)習(xí)中途順便在幫張阿姨用prokka做原核contig注釋，但是第一個contig的fa文件就出問題了！

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[03:47:20] Contig ID must <= 20 chars long: B12_L1.R1.clean_(paired)_contig_1
[03:47:20] Please rename your contigs or use --centre XXX to generate clean contig names.

作為一個碼農(nóng)的基本素質(zhì)，觀看報錯，好的說是contig名字太長了。
查了半天沒搞懂--centre怎么用。

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算了重命名吧哭哭！
先看看張阿姨的fa文件格式：

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先把你要縮短名字的fa文件放到一個目錄下，新建一個目的目錄。
然后利用以下腳本。

import os
#from collections import OrderedDict
mylist = os.listdir("/home/lfp/bacteria/AB/ABshunde/AB_fa/allfa")#批量讀取文件名“”內(nèi)是你的輸入目錄
#al = OrderedDict()
for i in mylist:
    file=open("/home/lfp/bacteria/AB/ABshunde/AB_fa/allfa/"+i,'r')
    naloc = i.find(".fa")
    new_file = i[:naloc] + "_new.fa"
    out_file=open("/home/lfp/bacteria/AB/ABshunde/AB_fa/new_fa/"+ new_file,"w") # “”內(nèi)是你的輸出目錄
    for c in file.readlines():
        c = c.strip()
        if c.startswith(">"):
            location = c.find("ig")
            contigname = ">" + i[:naloc] + c[location+2:]
            print(contigname,file = out_file)
        else:
            print(c,file = out_file)
    file.close()
    out_file.close()
    print(i + "finish")

輸入文件：

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輸出文件：

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再跑prokka。

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ps:直接利用conda安裝prokka為1.145版，依賴2.8+版本blast，但conda裝的blast是2.71版的（最高！委屈臉）,好吧作為一個社會主義接班人我才懶得編譯呢，直接退回了1.1版本的prokka