IGV繪制壽司圖(sashimi plot)

前言:

IGV(Integrative Genomics Viewer基因組瀏覽器)是一個(gè)將基因組學(xué)數(shù)據(jù)可視化的可交互工具,具有圖形界面,高性能且易于使用??捎糜谡故竞筒榭椿虮磉_(dá)、突變、融合、甲基化、探針等多種信息的軟件,是展示NGS數(shù)據(jù)和分析結(jié)果的一項(xiàng)重要工具。
第二代測(cè)序(Next-generation sequencing,NGS):又稱為高通量測(cè)序(High-throughput sequencing),是基于PCR和基因芯片發(fā)展而來的DNA測(cè)序技術(shù)。
sashimi plot(音譯:壽司圖)是對(duì)可變剪切的一種可視化方式,類似下面這樣,它可以標(biāo)記處有多少跨越intron的reads,方便我們觀察可變剪切,比如skip exon的reads數(shù)目的變化。


修飾過的壽司圖

操作步驟

導(dǎo)入
輸入基因名
兩次OK出圖
儲(chǔ)存

可以儲(chǔ)存為PNG和SVG的格式,SVG的可修飾程度更高,可以導(dǎo)入ai或者ps進(jìn)行二次修改。

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