啊，因?yàn)榫W(wǎng)絡(luò)問(wèn)題無(wú)法在服務(wù)器中直接用Singularity拉取鏡像了，因此在本地電腦中拉取。由于系統(tǒng)是MacOS, Singularity官方并沒(méi)有提供Mac系統(tǒng)的安裝包而是給出了另外一種使用SingularityCE的方法，在嘗試過(guò)程中遇到困難，在此記錄一下。

0. 平臺(tái)版本和思路

• 平臺(tái)和軟件
  • MacOS
  • SingularityCE, ver. 4.1

這是官方文檔上面記載的，在此截取MacOS使用SingularityCE的部分

• 思路
  • 在Mac中安裝Linux虛擬機(jī)（lima，brew install lima）
  • 在Linux虛擬機(jī)中安裝和運(yùn)行SingularityCE

1. 配置文件準(zhǔn)備和軟件下載

虛擬機(jī)配置（官方）

• 注意點(diǎn)：掛載目錄（mount）一定要加入writable否則拉取鏡像后無(wú)法保存在本地（沒(méi)有系統(tǒng)寫入權(quán)限導(dǎo)致的）
• ??下面是官方提供（掛載目錄沒(méi)有寫writable）

# SingularityCE on Alma Linux 9
# 
# Usage:
#
#   $ limactl start ./singularity-ce.yml
#   $ limactl shell singularity-ce singularity run library://alpine

images:
- location: "https://repo.almalinux.org/almalinux/9/cloud/x86_64/images/AlmaLinux-9-GenericCloud-latest.x86_64.qcow2"
  arch: "x86_64"
- location: "https://repo.almalinux.org/almalinux/9/cloud/aarch64/images/AlmaLinux-9-GenericCloud-latest.aarch64.qcow2"
  arch: "aarch64"

mounts:
- location: "~"
- location: "/tmp/lima"

containerd:
  system: false
  user: false

provision:
- mode: system
  script: |
    #!/bin/bash
    set -eux -o pipefail
    dnf -y install --enablerepo=epel singularity-ce squashfs-tools-ng

probes:
- script: |
    #!/bin/bash
    set -eux -o pipefail
    if ! timeout 30s bash -c "until command -v singularity >/dev/null 2>&1; do sleep 3; done"; then
      echo >&2 "singularity is not installed yet"
      exit 1
    fi
  hint: See "/var/log/cloud-init-output.log" in the guest

message: |
  To run `singularity` inside your lima VM:
    $ limactl shell {{.Name}} singularity run library://alpine

導(dǎo)致的報(bào)錯(cuò)

• 無(wú)法保存文件（缺乏讀寫權(quán)限導(dǎo)致

讀寫錯(cuò)誤

• 解決方案：在配置文件的mounts節(jié)點(diǎn)打開(kāi)寫入權(quán)限

解決方案

2. 運(yùn)行SingularityCE

1. 啟動(dòng)虛擬機(jī)實(shí)例

根據(jù)配置文件啟動(dòng)（不需要加./代表當(dāng)前目錄否則啟動(dòng)失?。?/p>

limactl start singularity-ce.yml

• 進(jìn)入虛擬機(jī)中進(jìn)行操作

#啟動(dòng)一個(gè)叫singularity-ce的虛擬機(jī)實(shí)例
limactl shell singularity-ce

• 不進(jìn)入虛擬機(jī)中操作

#在虛擬機(jī)外直接拉取鏡像
limactl shell singularity-ce singularity pull cibersortx_fractions.sif docker://cibersortx/fractions:latest

關(guān)閉虛擬機(jī)

• 如果想根據(jù)新配置啟動(dòng)鏡像，需要先把實(shí)例停止、刪除后才能生效

#step 1 stop instance
limactl stop singularity-ce

#step 2 delete instance
limactl delete singularity-ce

參考

官方文檔

原文地址