【生信】自建rpsblast的蛋白結(jié)構(gòu)域數(shù)據(jù)庫(kù)

NCBI上BLAST的手冊(cè)中對(duì)makeprofiledb的介紹：

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279684/


在做rpsblast時(shí)，可以對(duì)自建的蛋白結(jié)構(gòu)域數(shù)據(jù)庫(kù)做比對(duì)。如：要對(duì)PKS/NRPS蛋白結(jié)構(gòu)域做BLAST，如何自建一個(gè)PKS/NRPS蛋白結(jié)構(gòu)域數(shù)據(jù)庫(kù)？

一、流程

S1：挑出PKS/NRPS蛋白結(jié)構(gòu)域的smp文件。

S2：放到一個(gè)文件夾里。

S3：寫一個(gè)PKS.pn文件，里面是S1所挑的smp文件的名字，一名一行。PKS.pn同樣放在這個(gè)文件夾里。

S4：參考NCBI上BLAST的手冊(cè)中對(duì)makeprofiledb的介紹在該文件夾里輸入

makeprofiledb -title PKS.v.1.0 -in PKS.pn -out PKS -threshold 9.82 -scale 100.0 -dbtype rps -index true

則建好了一個(gè)名為PKS的數(shù)據(jù)庫(kù)

S5：輸入以下命令行，則是用這個(gè)自建的PKS數(shù)據(jù)庫(kù)，對(duì)20genome.fasta運(yùn)行rpstblastn

rpstblastn -query 20genome.fasta -db ./domains/PKS -out op.out -evalue 0.00001 -outfmt 6

二、makeprofiledb的參數(shù)介紹


參考NCBI的BLAST手冊(cè)

三、其他makeprofiledb命令示例


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