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TarBase是一個(gè)有實(shí)驗(yàn)證據(jù)支持的miRNA靶基因數(shù)據(jù)庫(kù)，目前最新版本為v8, 經(jīng)歷了長(zhǎng)達(dá)10年左右的收集與整理，網(wǎng)址如下

http://carolina.imis.athena-innovation.gr/diana_tools/web/index.php?r=tarbasev8%2Findex

該數(shù)據(jù)庫(kù)中包含了多個(gè)物種的miRNA靶基因信息，各個(gè)物種相關(guān)信息匯總?cè)缦?/p>

可以看到，主要還是人和小鼠的靶基因信息，占據(jù)了90%以上。

對(duì)于每個(gè)靶基因，都會(huì)給出相關(guān)的文獻(xiàn)，組織類型，檢驗(yàn)的方法等數(shù)據(jù)，數(shù)據(jù)庫(kù)中各項(xiàng)信息的數(shù)據(jù)量匯總?cè)缦?/p>

通過(guò)如下所示的搜索框，可以檢索該數(shù)據(jù)庫(kù)

可以同時(shí)輸出miRNA和gene, 也可以只輸入其中一種進(jìn)行檢索。輸入的miRNA名稱需要符合mirBase數(shù)據(jù)庫(kù)中的miRNA名字的格式，對(duì)于gene, 支持gene symbol和ensembl gene ID兩種格式。

檢索結(jié)果可以分成以下三級(jí)

1. target info

第一級(jí)就是miRNA靶基因信息，每一行代表一個(gè)miRNA和靶基因的相互作用，示意如下

對(duì)于每個(gè)靶基因，會(huì)給出對(duì)應(yīng)的支持該證據(jù)的方法，low代表的是一些傳統(tǒng)的實(shí)驗(yàn)手段，通量低，high代表高通量測(cè)序的分析結(jié)果。

2. methods

每行的末尾有一個(gè)下拉的箭頭，點(diǎn)開(kāi)之后就是第二級(jí)的結(jié)果，示意如下

3. binding sites

第二級(jí)的下拉列表展開(kāi)之后，可以看到具體的結(jié)合區(qū)域信息，示意如下

在頁(yè)面左側(cè)的也提供了篩選功能，示意如下

該數(shù)據(jù)庫(kù)目前只提供了檢索功能，如果要下載對(duì)應(yīng)的內(nèi)容，需要向開(kāi)發(fā)團(tuán)隊(duì)進(jìn)行申請(qǐng)。

TarBase中將實(shí)驗(yàn)證據(jù)分成了low和high兩類，low代表的是傳統(tǒng)的實(shí)驗(yàn)手段，相對(duì)高通量測(cè)序的分析結(jié)果，該結(jié)果的可靠性更高一點(diǎn)，我們可以通過(guò)篩選low方法支持的miRNA靶基因信息，從而得到一個(gè)高質(zhì)量的miRNA靶基因數(shù)據(jù)集。

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