更多精彩請(qǐng)至《KS科研分享與服務(wù)公眾號(hào)》
除了之前說過的三種常見單細(xì)胞基因可視化方法外，還有一種最常用的就是直接在UMAP或者TSNE降維圖上顯示表達(dá)某基因的細(xì)胞，這種方式更加直觀，但是只能顯示一個(gè)基因，一般用于標(biāo)記重要的基因。

1、降維可視化

降維可視化一般用Dimplot函數(shù)，如果使用的是UMAP方法，可以直接使用UMAPPlot函數(shù)，但是感覺效果不好或者很混亂，可以考慮使用PCAPlot函數(shù)。可以看到，聚類效果不錯(cuò)，PCA不同細(xì)胞群還是分開了。

plot1 <- UMAPPlot(scedata, label = T, pt.size = 1)
plot2 <- PCAPlot(scedata, label = T, pt.size = 1)
library(cowplot)
plot_grid(plot1,plot2)

圖片

2、配色及修飾

Seurat包的函數(shù)作圖都有默認(rèn)配色，但小編一直覺得不好看，其實(shí)看很多文章發(fā)現(xiàn)他們的色彩搭配很好。這里簡(jiǎn)單介紹兩組辦法。第一種使用ggsci包，自動(dòng)搭配。第二種則是從文章獲取顏色，自己修飾即可。

plot3 <- DimPlot(scedata, label = T, pt.size = 1)+
  NoLegend()+labs(x = "UMAP1", y = "UMAP2",title = "Celltype") +
  theme(panel.border = element_rect(fill=NA,color="black", size=1, linetype="solid"),
        axis.text.y = element_blank(),
        axis.ticks.y = element_blank(),
        axis.text.x = element_blank(),
        axis.ticks.x = element_blank())
  
library(ggsci)
library(ggplot2)
#nature版本
plot4 = plot3 + scale_color_npg()
#science版本
plot5 = plot3 +scale_color_aaas()
plot_grid(plot4,plot5)

圖片

再看下其他文章中使用過的配色，雖然差不多，但是感覺好多了。

library(paletteer)
pal <- paletteer_d("ggsci::nrc_npg")[c(1,3,4,9,5)]
plot6 <- DimPlot(scedata, label = T, pt.size = 1,cols = pal)+
  NoLegend()+labs(x = "UMAP1", y = "UMAP2",title = "Celltype") +
  theme(panel.border = element_rect(fill=NA,color="black", size=1, linetype="solid"),
        axis.text.y = element_blank(),
        axis.ticks.y = element_blank(),
        axis.text.x = element_blank(),
        axis.ticks.x = element_blank())

library(RColorBrewer)
cell_type_cols <- c(brewer.pal(9, "Set1"), 
                    "#FF34B3","#BC8F8F","#20B2AA","#00F5FF","#FFA500","#ADFF2F",
                    "#FF6A6A","#7FFFD4", "#AB82FF","#90EE90","#00CD00","#008B8B",
                    "#6495ED","#FFC1C1","#CD5C5C","#8B008B","#FF3030", "#7CFC00")  

plot7 <- DimPlot(scedata, label = T, pt.size = 1,cols = cell_type_cols)+
  NoLegend()+labs(x = "UMAP1", y = "UMAP2",title = "Celltype") +
  theme(panel.border = element_rect(fill=NA,color="black", size=1, linetype="solid"),
        axis.text.y = element_blank(),
        axis.ticks.y = element_blank(),
        axis.text.x = element_blank(),
        axis.ticks.x = element_blank())
plot_grid(plot6,plot7)

圖片

3、基因可視化

單個(gè)基因的可視化使用FeaturePlot函數(shù)，用ggplot2修飾即可。

color <- c('lightgrey', 'blue','seagreen2')#設(shè)置顏色  
plot8 <- FeaturePlot(scedata, features = 'ACKR1',cols = color, pt.size = 1)+  
  theme(panel.border = element_rect(fill=NA,color="black", size=1, linetype="solid"))#加邊框 

cols = c("gray", "coral2")
plot9 <- FeaturePlot(scedata, features = 'ACKR1',cols = cols, pt.size = 1)+  
  theme(panel.border = element_rect(fill=NA,color="black", size=1, linetype="solid"))#加邊框 
plot_grid(plot8,plot9)

圖片

4、把細(xì)胞群圈起來

此外，有人問道，很多文章中用虛線框起來細(xì)胞群是如何做到的，之前我也嘗試過用畫PCA置信橢圓的辦法，但是效果不理想，最好的方法就是導(dǎo)入PPT或者AI，自己動(dòng)手添加。

圖片

好了，這就是今天的分享了，只是冰山一角，還有其他更多的方式，可以參考其他文獻(xiàn)，找到適合自己的。