直接說(shuō)答案，新版的tinyarray里面加了一個(gè)函數(shù)，trans_exp_new，pia的以下就轉(zhuǎn)換成功，不只是TCGA的，任何以ensembleid為行名的矩陣都可以轉(zhuǎn)換，注意數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)得是矩陣哦。

1.讀取數(shù)據(jù)

隨便拿一個(gè)例子，xena里的一個(gè)CHOL數(shù)據(jù)，在這里下載：

https://gdc-hub.s3.us-east-1.amazonaws.com/download/TCGA-CHOL.htseq_counts.tsv.gz

dat = read.delim("TCGA-CHOL.htseq_counts.tsv.gz",check.names = F,row.names = 1)
dat = as.matrix(dat)
dat[1:4,1:4]
#>                    TCGA-ZD-A8I3-01A TCGA-W5-AA2U-11A TCGA-W5-AA30-01A
#> ENSG00000000003.13        12.359475        11.274378         12.32559
#> ENSG00000000005.5          1.000000         1.000000          0.00000
#> ENSG00000000419.11        10.244364         9.357552         10.68387
#> ENSG00000000457.12         9.558421         8.438792         11.37341
#>                    TCGA-W5-AA38-01A
#> ENSG00000000003.13        13.010178
#> ENSG00000000005.5          1.000000
#> ENSG00000000419.11        10.728771
#> ENSG00000000457.12         9.022368

2.表達(dá)矩陣行名ID轉(zhuǎn)換

#install.packages("tinyarray")
library(tinyarray)
exp = trans_exp_new(dat)
#> Warning in AnnoProbe::annoGene(rownames(exp), ID_type = "ENSEMBL"): 6.54% of
#> input IDs are fail to annotate...
exp[1:4,1:4]
#>             TCGA-ZD-A8I3-01A TCGA-W5-AA2U-11A TCGA-W5-AA30-01A TCGA-W5-AA38-01A
#> DDX11L1             0.000000         0.000000         0.000000         1.000000
#> WASH7P              6.357552         3.459432         7.199672         5.807355
#> MIR6859-1           1.000000         0.000000         3.584963         1.000000
#> MIR1302-2HG         0.000000         0.000000         0.000000         0.000000

總數(shù)六萬(wàn)，少掉6%根本不叫事。